[wwPDB] NMR制限情報の検証がOneDepから利用可能に

OneDepシステム上で提供されるNMRエントリーのwwPDBの検証レポートに、NMR制限情報の検証結果が追加され、登録者が登録データに含まれる潜在的な不一致を特定することが容易になりました。

wwPDBのNMRデータ検証に関する専門委員会（Validation Task Force , VTF）は、制限情報の検証の進め方に関する提言を公表しています(10.1016/j.str.2013.07.021)。それ以来、wwPDBはNMRの専門家と協力して、制限情報の検証を可能にするために、NEF（NMR Exchange Format）ディクショナリ（10.1038/nsmb.3041）の開発を行ってきました。

2020年3月より、OneDepシステム上で、NMR-STARまたはNEF形式の単一ファイルでNMR実験データ（化学シフトと制限情報）の受付けを開始しました。 今回、制限情報の検証機能がwwPDB検証パッケージに組み込まれ、NEFまたはNMR-STAR形式で制限情報が与えられた場合、OneDepで生成される検証レポートに制限情報の解析結果が含まれるようになりました。

wwPDB検証レポートの制限情報解析は、構造的な束縛を伴う制限情報の統計、制限情報と原子座標モデルの間の違反、各モデルの距離制限及び二面角制限違反の平均出現数、各モデル及び各アンサンブルに対する距離制限及び二面角制限違反の分布解析を含み、グラフまたは表形式で表現されます。

今回追加された機能は、登録者やユーザがNMRデータの潜在的なエラーを特定することに役立つはずです。

NMRエントリーの検証レポートについて、詳しくはこちらをご覧ください。

wwPDBの検証レポートについてご質問などございましたら、validation@mail.wwpdb.orgまで英語でご連絡ください。

[ wwPDB News ]