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現在PDBアーカイブで公開されている、X線やNMR、電子顕微鏡法によって解析された全てのエントリーについて、検証レポートを更新しました。

レポート中の統計グラフは2019年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなり、また検証レポートの作成過程で計算された電子密度マップ係数ファイルを追加しました。

更新後のレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

更新前の6月10日時点の検証レポートは、RCSB PDBPDBjのスナップショットにてご確認頂けます。

更新された検証レポートでは、 検証に関する専門委員会(Validation Task Force)の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。

更新されたレポートには、 最近導入された糖鎖に関するセクション及び糖鎖データの表現改善プロジェクトで導入された記号による糖鎖表示法(Symbol Nomenclature For Glycan:SNFG)に加えて、 X線構造中のリガンドの幾何学的な検証情報とリガンドとその周辺のモデル構造と電子密度マップの重なりを視覚化した図が追加されています。 リガンドの幾何学的な検証を強調表示した2次元平面図と、結晶解析構造の場合には、電子密度の3次元表示図が含まれます。

さらに、EMマップの解析、PDB構造モデルとEMDBマップの重なり具合の解析に加えて、 ハーフマップ又はFSCデータが登録された場合には、登録者による分解能と検証ソフトが提供する分解能を比較するために、レポートにFSC曲線も表示されます。

検証レポートは、OneDep(wwPDBによる構造データの検証・登録・キュレーションシステム)を通して、登録者に提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線やNMR、電子顕微鏡法の専門委員会(VTF)の意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 すでに、複数の学術誌 (Nature, eLife、 The Journal of Biological Chemistry、the International Union of Crystallography (IUCr) journals、 FEBS journals, Journal of Immunology、Angew Chem Int Ed Engl)では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。

さらに詳細な情報や検証レポートの例はwwPDBサイトからご覧いただけます。

コメントやご質問等は、validation@mail.wwpdb.orgまで、英語でご連絡ください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-09-23
170172
件を2020-10-21に公開中