[wwPDB] 2020年に、PDBデータ中の糖鎖分子の表現を改良します

2020年7月に、wwPDBは糖鎖分子の標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データファイルを更新し、PDBデータの発見可能性（Findability）と相互運用可能性（Interoperability）を改善します。 この改善作業に関する詳細情報とPDBx/mmCIF辞書の拡張情報、500件以上のサンプルファイルは、 wwPDBサイトからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり、または視覚化するソフトウェアパッケージの開発者は、変更情報を確認して、必要に応じてソフトウェアを更新することをお勧めします。

糖質科学のコミュニティと協力して、化合物辞書（CCD）内の800近い単糖類の原子命名法を標準化するソフトウェアツールを開発しました。 このツールは、PDBアーカイブ内のオリゴ糖や多糖を、分岐ポリマー表現(branched polymeric representation)で表すことができるほか、糖鎖生物学でよく用いられる他の分子表現に変換することもできます。 影響を受けるPDBエントリーおよそ12,000件のそれぞれにおいて、オリゴ糖/多糖の明確な化学的記述を保証するために、単量体単位間の共有結合情報の明示的な記述を含めました。 一般的なオリゴ糖（例えば、ショ糖、ルイスX因子）を継続的に確実に発見するために、 BIRD（Biologically Interesting molecule Reference Dictionary; ペプチド様 の抗生物質・阻害剤分子の辞書）を拡張しました。 これには、共有結合情報や分子の一般的な別名が含められます。

wwPDBは、この機会を利用して、新しいデータカテゴリ_pdbx_chem_comp_synonymsを導入することにより、CCD内の化学的同義語の体系を改善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をより包括的にとらえることが可能になります。 ユーザーへの影響を最小限に抑えるために、最初の移行期間をもうけ、その間はレガシーデータ項目_chem_comp.pdbx_synonymsも保持されます。

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