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2020年2月18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者(PI)は、同じPDBアクセッションコードを保持したままモデル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持できるようになります。 バージョニングプロジェクトの最終段階では、現在のwwPDB OneDepシステムが開始される前に登録された構造についても、バージョン管理機能を拡張しました。

OneDepで登録されたエントリーについては、登録者はまずOneDep登録サイトにログインし、コミュニケーションパネルから、変更したい旨を連絡をする必要があります。 OneDep以前の古いシステムから登録されたエントリーについては、最初に deposit-help@mail.wwpdb.org宛のメールで希望を連絡し、件名と本文にPDB IDを記載する必要があります。 新しい座標の登録後、wwPDBのバイオキュレータが再処理を行い、登録者の確認後、直ちに新しいバージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニングは、座標等の変更に限定され、登録済みの実験データ(構造因子)の差替え・変更は行えません。 座標の変更は、年間に1エントリー当たり1回まで、一人の研究責任者(PI)に対して3件のエントリーまでに制限しています。 通常の登録作業とのバランスを検証した後、この制限は2021年に見直す予定です。

各エントリーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト(ftp.pdbj.org [PDBj]/ ftp.wwpdb.org [wwPDB])で公開されます。全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化アーカイブ(ftp-versioned.pdbj.org [PDBj]/ ftp-versioned.wwpdb.org [wwPDB])に保管されます。詳細は、wwPDBウェブサイトをご覧ください。バージョン化アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張を想定したものとなっています。そのためPDBエントリー1abcのファイルは、pdb_00001abcというフォルダ内に配置されています。

バージョニング管理の中でエントリーに行われる変更は、「メジャー」又は「マイナー」のどちらかに分類されます。 原子座標やポリマー配列、化合物等の化学的な表現に更新があると、メジャーバージョンが一つ増えることになります。他の変更は「マイナー」バージョンの更新になります。バージョン化の中で行われた変更はすべて、PDBx/mmCIFファイルのauditカテゴリに記録されます。

PDBバージョニングについて何かご質問がございましたら、wwPDB(deposit-help@mail.wwpdb.org)まで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-02-20