[wwPDB] PDBアーカイブから、NMR実験データを統合フォーマットで提供します

2020年3月から、OneDepシステムは、NMR-STARまたはNEF形式の単一ファイルでNMRデータのアップロードの受付けを開始します。現在は、化学シフト、距離制限、およびピークリストのような各種NMR実験データが個別にアップロードされていますが、この状況が変わることになります。

NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and exchanging data from nuclear magnetic resonance spectroscopic experiments Journal of Biomolecular NMR, 73: 5–9. doi: 10.1007/s10858-018-0220-3] でサポートされています。 一方、NEF (NMR exchange format; Gutmanas et al. (2015) NMR Exchange Format: a unified and open standard for representation of NMR restraint data Nature Structural & Molecular Biology 22: 433–434 doi: 10.1038/nsmb.3041) は、軽量なフォーマット及びディクショナリで定義され、NMR構造決定において主流のソフトウェアがサポートしています。 これら２つの相互変換可能な標準フォーマットを一つのデータファイルとして利用することにより、データの保管や配布が簡単になるだけでなく、登録過程が容易になります。

統合データファイルを伴って登録される新しいエントリーについては、NMR-STARフォーマットで単一のファイルとしてNMRの実験データをPDB FTPアーカイブ上に配置します。NEFフォーマットへ最大限変換したファイルも提供します。 これら統合されたNMRデータファイルは、アーカイブ上で、既存のnmr_restraintsやnmr_chemical_shiftsと並んで作成される、新しいディレクトリ「nmr_data」内に追加されます。 加えて、これまでに利用ユーザに対応するため、統合ファイルは、既存のディレクトリ「nmr_restraints」 や「nmr_chemical_shifts」内にもコピーされます。

関連するNMRデータに容易にアクセスできるよう、NMR統合データファイルの標準化した命名規則も開発しています。ファイル名はPDBアクセションコードで始まり、nmr_dataが続き、その後にフォーマットタイプの拡張子が続きます。 例えば、「2lcb_nmr_data.nef」や 「2lcb_nmr_data.str」となります。 統合ファイルでのNMRデータの受け付け・配布の開始は、2020年3月頃を予定しています。

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