このページの他言語版もあります: English

EMDBデータに対する首尾一貫したルールを確認するため、EMDBチームは、アーカイブに対する包括的なポリシーと処理手順に関する文書を作成しました。 この文書は、EMDBウェブサイトから公開されています

2002年の設立以来、電子顕微鏡データバンク(EMDB; https://emdb-empiar.org/)は、公開アーカイブとして、生体高分子、その複合体、 細胞構造の3次元低温(クライオ)電子顕微鏡(cryo-EM)マップと断層像を保管しています。 2002年に最初の8つのEMDBエントリーが公開されて以来、EMDBアーカイブのエントリー数は着実に増大し続け、現在はほぼ1万件のマップが公開されています。 2016年からは、EMDBエントリーは、wwPDBのOneDepシステムを介して登録及び処理が行われ、 登録者の所属地域によって、EMDB、PDBe、RCSB PDB及びPDBjの各サイトが分担してバイオキュレーション処理作業を行っています。

ポリシーの文書では、データ登録の要件や受付可能なフォーマット、エントリーの修正や公開について述べています。 例えば、単粒子解析データ法の登録に際して、フーリエシェル相関(FSC)データのような補助的ファイルだけでなく、 論文内で示される一次マップや生データのマップ(マスクなし、フィルターなし、シャープなし)、マスクなしのハーフマップを含めることを推奨しています。 またEMDBは、バイオキュレーション処理後に作成される公式なwwPDBの検証レポートを、登録者が論文の投稿・レビューを行う過程で、学術誌の編集者や査読者へ提出するよう勧めています。 現在wwPDBの検証レポートには、EMのマップ/トモグラムの検証結果や該当する場合はマップとモデルの検証結果も含まれています。

近年、クライオ電子顕微鏡法のコミュニティ内で、全データを一般に公開しようという要望が高まってきたことに対応して、 EMDBは、全ての原子モデル座標をPDBへ、全ての電子顕微鏡再構成データをEMDBへ、 そして全ての生データ(トモグラムの傾斜シリーズを含む)をEMPIARへ登録することを強く推奨しています。 これらアーカイブ内の関連するエントリーは、相互に参照でき、ユーザは必要な情報を簡単に見つけてデータにアクセスできます。

EMDBチームと母体組織のwwPDBは、ユーザや登録者からのポリシーと処理手順についてコメントを歓迎しています。 コメント等ございましたら、emdbhelp@ebi.ac.ukまで、メール(英語)にてご連絡ください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-01-14 (最終更新日: 1 month ago)2020-01-14