[wwPDB] OneDepにEMマップの検証機能が追加されました
OneDepシステムで提供されるwwPDBの検証レポートに、電子顕微鏡法（EM）のマップの検証機能が追加され、データに間違いがある場合に、利用者が問題を確認しやすくなりました。
新しいOneDepシステムの検証レポートには、これまでEMDBページで使用されてきた様々なEMデータ検証方法を統合し、広範囲なEMマップの検証処理を組み込みました。 このEMの検証レポートは、当初はOneDepシステムへの登録者へのみ提供しますが、将来はPDBとEMDBアーカイブ全体のエントリーに対して提供する予定です。
PDB構造モデルとEMDBマップの重なり具合の解析が検証処理に含まれ、アミノ酸レベルでの残基プロパティプロット図や、マップとモデル全体を視覚的に重ね合わせた図で示されます（以下の画像を参照してください）。また、ハーフマップ又はFSCデータが登録された場合には、登録者による分解能と検証ソフトが提供する分解能を比較するために、レポートにFSC曲線も表示されます。
画像は、新しい検証レポートの一部ですが、EMマップと構造モデルの重なりを、視覚的に表しています。上側の図では、マップ(EMD-0360)とモデル(6N7P)の3つの直交方向の重ね合わせを表していますが、登録者による表面レベルではEMマップでカバーされないモデル領域が存在することがわかります。一方下側の図は、登録者による表面レベルで、モデル構造(6ME0)の大部分が、EMマップ(EMD-9105)とよく一致していることを示しています。
レポートには、直交投影像、中央断面図、マスクの視覚化などの画像が表示され、マップの詳細な検証結果と矛盾点を確認できます。 また、EMマップボリュームの統計分析には、マップの密度分布のグラフ、表面レベルによるボリューム評価、回転平均したパワースペクトルが含まれ、EMボリュームをさらに詳細に分析します。
新しく加わった検証情報によって、登録者とユーザの双方が、EMデータにエラーがある可能性を判断でき、PDBとEMDBの両方においてデータの制限が明確になります。
EMエントリーの検証レポートについて更に詳細な情報は、wwPDBのヘルプページをご覧ください。
検証レポートについてご質問などございましたら、validation@mail.wwpdb.orgまで、ご連絡ください。
[ wwPDB News ]
