トーゴーの日シンポジウム2019

第9回 トーゴーの日シンポジウム2019にてポスター発表とワークショップを行いました。

場所

日本科学未来館（東京都江東区、アクセス）

日時

2019年10月5日（土）

参加費

無料

ポスター

【32】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用

タンパク質、核酸、糖鎖などの生体高分子の立体構造情報は Protein Data Bank（PDB）として集積され、2019 年 3 月には 15 万件を超える構造データを公開している。PDBj は、国際的組織である wwPDB の一員として、共通した品質管理によるデータ登録作業とダウンロード・サイトの運営および独自のサービス・ツールや二次 DB の提供、セマンティック化を実施している。また構造データの検証レポートについてもXML/RDF化し、PDBのメタデータだけではなく検証レポートの評価指標についても検索しやすくしている。本発表ではそれらを紹介する。

【33】PDB検証レポートの高度化とNMR統合ファイル検証機能の開発

PDBでは決定された生体高分子の立体構造の品質を評価する文書として、データの検証レポートを登録時に発行している。さらなる構造品質の向上のため、X線回折、核磁気共鳴、電子顕微鏡の各構造決定法分野の専門委員会（Validation Task Force）の提言を基に高度化した検証レポートを開発し、PDBデータベースの登録・アノテーション・検証を行うパイプライン・システム（OneDep）において提供を開始した。また、NMR実験データベース（BioMagResBank）を運営するPDBj-BMRBグループは、米ウィスコンシン大学との国際協力の下、NMR実験データベースの収集、登録、データ管理、評価と公開を行っている。2019年7月時点で13,000件を超えるNMR実験データに加え、SPARQLエンドポイントを公開し、生体系NMRコミュニティーに貢献してきた。NMRデータである化学シフト、距離制限情報およびピークリストを用いてPDB検証レポートの生成をおこなう。このデータから構成されるNEF/NMR-STAR V3.2のNMR統合ファイルの検証機能を開発しOneDepへの実装を行った。本発表ではこれらについての紹介を行う。

ワークショップ：つないで使って役に立てようProtein Data Bank

蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank：PDB）は、蛋白質、核酸、糖鎖など生体高分子の立体構造情報を集めたデータベースである。放射光施設の高度化、超高磁場NMR装置の普及や革新的な電子顕微鏡装置の開発により、PDBの登録件数は増加の一途をたどっている。2019年7月末時点でのPDB登録件数は15万件を優に超えている。PDBj（PDB Japan）は、国際組織であるworldwide PDB（wwPDB）の一員として、共通した品質管理によりアジア地区からのデータ登録を行ってきた。また、全PDBデータに関するダウンロード・サイトの運営や、横断的な検索サービス・ツール類を独自に開発するとともに、ライフサイエンス・データベースの統合的な利用を可能にするため、wwPDBでPDB関連データのRDF化を実施している。 PDB利用研究のうち、機能分子である蛋白質の理解を立体構造に基づいて加速させようとする研究の割合が、年々大きくなっている。本ワークショップでは、有用物質生産を目指して行われているPDBの活用例をご講演いただく。代謝工学をベースにしたPDBの活用例を大阪大学の清水先生に、分子工学をベースにした活用例を産総研の亀田先生にお願いしている。併せて、関連するPDBjの検索サービスのデモンストレーションを行い、エンドユーザーだけでなくDB開発者からもご意見をいただきたい。デモンストレーションでは、簡易検索、詳細検索、SQL検索やSPARQL検索などの実演を行う。

• PDBj Mine（PDB検索サービス）の紹介：工藤 高裕・横地 政志（大阪大学蛋白質研究所）