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本日2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になりました。

X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられます。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを広範囲に収集できるため、構造の検証を強化することにつながります。 10万個以上の原子や、2文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来のPDBフォーマットではサポートされません。 更に、2021年までには、PDBの化合物IDは4文字以上への拡張が必要になると予想され、その結果、PDBのコアアーカイブからPDBフォーマットファイルを廃止することにつながります。

RefmacやPhenix.refineやBusterなどのプログラムを利用すると、PDBx/mmCIFフォーマットファイルを出力できます。構造決定及び精密化のために他のソフトウェアを利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマットへ変換するためのスタンドアロンやウェブベースのツール(MAXITpdb_extract)を提供しています。登録のためのPDBx/mmCIFフォーマットファイルの準備・出力に関する詳細情報は、wwPDBサイトからご覧ください。

PDBx/mmCIFワーキンググループは、PDBx/mmCIFデータモデルに取り組んできました。 PDBx/mmCIFはまた、Jmol/JSMol, Chimera, OpenRasMol, CCP4MG, COOT, PyMOL, VMD, Molmil, LiteMol, Mol*, NGL などの可視化アプリケーションによってサポートされています。 加えて、Protein Model PortalやSASBDBのような他のデータリソースも、PDBx/mmCIFフレイムワークをデータの表現のために採用し、拡張しました。

ご質問などございましたら、wwPDB(deposit-help@mail.wwpdb.org)まで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2019-07-01