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wwPDBが最近行った検証レポートの改良により、リガンドの検証情報が非常に明確になりました。

改良した検証レポートには、リガンドの幾何学的な検証を強調表示した2次元平面図と、結晶解析構造の場合には、電子密度の3次元表示図が含まれます。

また、検証レポートの解析に使用された電子密度マップの係数を登録者に提供します。

リガンドの検証

wwPDBは、Global Phasing社と協力して、wwPDB/CCDC/D3Rリガンド検証ワークショップによって提案されたように、 buster-report のリガンド可視化情報をwwPDBの検証レポートに組み込みました。 このリガンド可視化情報は、登録者が「Ligand of Interest(注目するリガンド)」として選択したリガンドか、分子量が250ダルトンより大きく、かつ構造化学的に標準値から外れた値を持つリガンドに対して表示されます。

以下のリガンドNAPは、構造化学とX線データとの一致度の双方の視点において、よくある例として意図的に選択して例示しています。

CCDC Mogulによる構造化学的な評価は、以下に示すようにリガンドの2次元平面図上の色で強調表示されます。

RCSB PDB News Image

リガンドの幾何学的な検証情報が追加されたことに加え、X線結晶構造のPDBエントリーに対しては、 リガンドとその周辺の電子密度マップを表す画像が、wwPDBの検証レポートに追加表示されています。

RCSB PDB News Image

電子密度マップ係数ファイル

今回の更新により、wwPDBは検証レポートに加えて、検証の過程で作成される電子密度マップの係数(2mFo-DFc と mFo-DFc)を登録者に提供します。 wwPDBの検証レポートのために生成された電子密度マップの係数は、新しいエントリーが公開される際にPDBアーカイブに追加され、 既存のエントリーに対しては、全エントリーの検証レポートを再作成する際に、PDBアーカイブに追加する予定です。

この検証パイプラインへの変更によって、 登録者が提供された検証情報を解釈しやすくなることを願っています。 ご質問などございましたら、wwPDB(deposit-help@mail.wwpdb.org)まで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2019-06-12