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結晶構造をPDBへ登録する際にPDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になることをActa Crystallographica Section D (Acta Cryst. D)に発表しました。 著者には、wwPDBの各サイトのメンバーに加えて、主要な結晶構造精密化ソフトウェアの代表も含まれています。

Acta Cryst. Dから出版された論文“Announcing mandatory submission of PDBx/mmCIF format files for crystallographic depositions to the Protein Data Bank (PDB)”では、2019年7月1日以降、X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、結晶構造解析法(MX)によって解かれた構造をPDBへ登録する際に、OneDepで受け付けるモデル構造ファイルのフォーマットは、PDBx/mmCIFフォーマットのみとなることを強調しています。

Refmac(CCP4)やPhenix.refineやBusterなどのプログラムを利用すると、PDBx/mmCIFフォーマットファイルを出力できます。 各ソフトウェアの代表との共著とすることで、PDBx/mmCIFデータモデルに対する結晶学ソフトウェアのコミュニティの関わりを強調しています。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる実験的メタデータを広範囲に収集できるため、構造の検証を強化することにつながります。

登録のために必要なPDBx/mmCIFフォーマットファイルの出力や準備についての情報は、wwPDBウェブサイトをご覧ください。

[ wwPDB ニュース ]

作成日: 2019-04-17 (最終更新日: 3 months ago)2019-04-17