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今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は15万件に達し、総数は150,145 となりました。

実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、1971年に創設されたPDBアーカイブは大きな節目を迎えることができました。このアーカイブは、世界中の研究者が無償で利用できます。

wwPDBを構成する4つのデータセンターでは、生体高分子の三次元構造のオンラインアクセスを提供しています。これらPDBのサービスは臨床医学、農業、基礎生物学において、病気や健康に関わるタンパク質から生物エネルギー変換反応に至るまでさまざまな事象を研究者が理解することにつながっています。 また、PDBアーカイブは各エントリーに関連する190万以上のファイルを収容しており、データ量は512ギガバイトを超える容量となっています。

PDBアーカイブは、世界結晶年である2014年に10万件に到達しました。この記録が打ち立てられて以来、PDBの登録数は急増しデータの複雑さも急速に増加しています。 データ急増への対応は、各実験手法に対応したPDBデータの登録、検証、編集を行う世界共通のシステム「OneDep」を立ち上げたことが支えになっています。 「OneDep」システムとその基本フォーマット「PDBx/mmCIF」があれば、構造生物学の発展によってもたらされた課題に対処するため、今後、適切にPDBアーカイブを修正していくことができます。 これまでに41,000以上の構造が「OneDep」を使って登録、編集、検証され、PDBアーカイブで公開しています。またアーカイブの整合性を保つため、さらに多くのエントリーをOneDepで更新しました。

今週の公開で、262個の新しい構造がアーカイブに追加されます。これらの構造は、他の構造ともに、基礎生物学、創薬、生物エネルギーの研究や教育に不可欠なものとなります。 発足当初からアーカイブのサイズは、10-15年ごとにおおよそ10倍に増加しています。PDBは、1982年に100件、1993年には1000件に、2000年には10,000件に到達しました。 そして今や15万件目の構造が利用できるようになりました。現在アーカイブにある構造の半分以上が、この10年間で公開されたものです。

我々研究者は、次なる15万件の構造とそれらの新しいデータがもたらす膨大かつ貴重な知識に対し大きな期待を寄せています。 しかし、PDBに登録される構造の件数が増加し、大きさや複雑さが増していることに加え、ハイブリッド構造決定法が登場したことで、それに対応した構造データの記述や管理が新しい課題となっています。 wwPDBではこれからも研究者コミュニティーと協力しながら、これらの課題に取り組み、品質、完全性、整合性において可能な限り高い水準を維持していきます。

PDBアーカイブとwwPDBの組織、それに開発経緯と今後の方針については、PDBアーカイブに関して述べた新たな参考文献に書かれています。主な文献を以下に挙げますのでご参考ください。

全文献リストはこちら

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[ wwPDB ニュース ]

作成日: 2019-03-20 (最終更新日: 7 months ago)2019-03-20