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蛋白質立体構造予測の国際コンテスト (CASP)は、蛋白質の立体構造モデリングの最先端技術を進歩させることを目的とした、研究者コミュニティの実験です。 1994年以来隔年で、CASPは、間もなく公開される実験構造に関する情報を集め、配列データを構造モデリングのコミュニティへ伝え、 評価のための構造のブラインド予測を収集しています。 世界中から、およそ100個のモデリング団体が参加してきました。 CASP実験の結果は、学術誌Proteinsの特別号に掲載されています (例えばCASP12)。

CASPの成功は、構造決定のコミュニティの寛大さにかかっています。 CASP組織は現在、5月初めに開始される予定のCASP13実験のターゲットを求めています。 CASPコミュニティは、テンプレートありとなしのモデリングのために、 広い難易度にわたるモデリングターゲットを必要としています。 X線結晶解析、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡法によるいずれの構造でも歓迎ですが、 膜蛋白質、蛋白質複合体、低温電子顕微鏡法の構造に特に関心があります。 また、CASP組織は、蛋白質材料が必要とされる NMR、SAXS(X線小角散乱法)、SANS(中性子小角散乱法)、crosslinking(架橋操作と質量分析)、FRET(蛍光共鳴エネルギー移動測定)の 実験グループと連携して、まばらな実験データによって支援されたモデリングを、より多く含めるようにCASPを拡張しています (もちろんこれは、ほとんどのターゲットでは期待されていませんが、もし利用できる場合、ぜひお願いします!)

従って、もし該当するデータをお持ちであれば、PDB登録の際に、wwPDBのOneDep登録システム上で、「CASPターゲット」の印をつけてください。 あるいは、CASP13ターゲットの登録ページから直接、あなたの蛋白質がCASPであると示唆してください。

以前CASPにターゲットを提供していない場合でも、簡単かつすぐに手続きできます。 PDBの公開前には構造を必要としません。そして十分に前もってお知らせ頂ければ(公開の最低3週間前ですが、もっと余裕がある方が良い) 構造の公開を遅らせる必要はありません。 詳細はCASP13のページをご覧ください。

CASPターゲットの提供者は、以下の例のように、定期的に特別号の論文に寄稿するよう招待されます。

  • 2018: Kryshtafovych A, Albrecht R, Baslé A, Bule P, Caputo AT, Carvalho AL, Chao KL, Diskin R, Fidelis K, Fontes CMGA, Fredslund F, Gilbert HJ, Goulding CW, Hartmann MD, Hayes CS, Herzberg O, Hill JC, Joachimiak A, Kohring GW, Koning RI, Lo Leggio L, Mangiagalli M, Michalska K, Moult J, Najmudin S, Nardini M, Nardone V, Ndeh D, Nguyen TH, Pintacuda G, Postel S, van Raaij MJ, Roversi P, Shimon A, Singh AK, Sundberg EJ, Tars K, Zitzmann N, Schwede T. (2018). Target highlights from the first post-PSI CASP experiment (CASP12, May-August 2016). Proteins 86 (S1), 27-50. doi: 10.1002/prot.25392. PMID: 28960539
  • 2016: Kryshtafovych A, Moult J, Baslé A, Burgin A, Craig TK, Edwards RA, Fass D, Hartmann MD, Korycinski M, Lewis RJ, Lorimer D, Lupas AN, Newman J, Peat TS, Piepenbrink KH, Prahlad J, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall AM, Seguritan V, Sundberg EJ, Singh AK, Wilson MA, Schwede T. (2016). Some of the most interesting CASP11 targets through the eyes of their authors. Proteins 84 (S1), 34-50. doi: 10.1002/prot.24942. PMID: 26473983
  • 2014: Kryshtafovych A, Moult J, Bales P, Bazan JF, Biasini M, Burgin A, Chen C, Cochran FV, Craig TK, Das R, Fass D, Garcia-Doval C, Herzberg O, Lorimer D, Luecke H, Ma X, Nelson DC, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall A, Seguritan V, Zeth K, Schwede T. (2014). Challenging the state-of-the-art in protein structure prediction: Highlights of experimental target structures for the 10th critical assessment of techniques for protein structure prediction experiment CASP10. Proteins 82 (S2), 26-42. doi: 10.1002/prot.24489. PMID: 24318984
  • 2011: Kryshtafovych A, Moult J, Bartual SG, Bazan JF, Berman H, Casteel DE, Christodoulou E, Everett JK, Hausmann J, Heidebrecht T, Hills T, Hui R, Hunt JF, Seetharaman J, Joachimiak A, Kennedy MA, Kim C, Lingel A, Michalska K, Montelione GT, Otero JM, Perrakis A, Pizarro JC, van Raaij MJ, Ramelot TA, Rousseau F, Tong L, Wernimont AK, Young J, Schwede T. (2011). Target highlights in CASP9: Experimental target structures for the critical assessment of techniques for protein structure prediction. Proteins 79 (S10), 6-20. doi: 10.1002/prot.23196. PMID: 22020785

CASP組織委員会
John Moult, University of Maryland, USA
Krzysztof Fidelis, University of California, Davis, USA
Andriy Kryshtafovych, University of California, Davis, USA
Torsten Schwede, University of Basel, Switzerland

連絡先: casp@predictioncenter.org
詳細情報: http://www.predictioncenter.org/casp13/index.cgi
ターゲットの登録: http://www.predictioncenter.org/casp13/targets_submission.cgi

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作成日: 2018-04-12 (最終更新日: more than 1 year ago)2018-04-12