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wwPDBが作成した構造検証レポートに焦点を当てた論文(Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure doi: 10.1016/j.str.2017.10.009)が発表されました。

その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検証レポートが登録者に提供できるようになり(PDBjニュース)、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述されています(PDBjニュース)。 2016年の始めには、OneDepシステムの更新 (PDBjニュース)に続いて、 核磁気共鳴法(NMR)と3次元電子顕微鏡法で解析された構造のレポートも登録者に提供されるようになり、 後にPDB Archiveに加えられました (PDBjニュース)。

これらのレポートは、wwPDBとEMDataBankのパートナーによる検証法に関する タスクフォースの推奨に基づいています。 準備段階でのレポートは、OneDep(deposit-pdbj.wwpdb.org)またはウェブサービスのAPIを使った登録の間に、スタンドアローンのウェブサーバ (validate.wwpdb.org)で作成されます。 wwPDBパートナーは、PDBアーカイブへデータを登録する前に構造検証を行うというこのオプションを使うことを強く推奨しています。 アノテーション処理後に公式なwwPDB構造検証レポートが作成されますが、それらは関連する構造を記述している原稿とともにジャーナルへ投稿されなければなりません。 PDBエントリーが公開される時に、対応する検証レポートもまた、PDBアーカイブに公開されます。

2017-12-02 (last edited: 11 months ago)2017-12-05
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