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OneDepのデータ基準に準拠した、より強化された内容のPDB構造ファイルが、テストサイトから公開されました。

2017年7月12日に、wwPDBは、PDB FTPアーカイブのPDB構造ファイルを、 PDBx/mmCIF辞書のV5.0に従ったファイルへ 更新する予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション、検証のための、wwPDBの OneDepシステム日本語版) で使用されています。

7月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発者が 予定されている更新内容について、テストし、フィードバックをする時間が十分持てるように、 wwPDBは、今回、新しいFTPリポジトリ(ftp://ftp-beta.wwpdb.org/)から、 PDBアーカイブのすべてのエントリーに対して、 新しいデータ基準に従ったPDBx/mmCIFとXMLフォーマットの構造ファイルを公開しました。 これらテスト用のファイルは、現行PDBアーカイブの週次更新に合わせて更新されます。

変更点一覧は、wwPDBウェブサイト(https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)でご確認ください。

PDB構造ファイルの利用者は、V5へ更新されたファイルの確認と、テストを実施されることを、強く推奨します。

V5.0のデータに関して問題があれば、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語にてご連絡ください。

利用者の意見に基づいて、2017年7月12日の本公開までに、問題点を解消するよう努めます。

5月3日から7月12日の間に、他の付随データや実験データファイルも、順次ftp-betaに追加されます。

以前に更新された電子顕微鏡法による構造ファイル(2016年12月に公開されたもの)は、テスト用FTP領域 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/ に含まれていましたが、この領域は、5月3日以降は利用できなくなりました。

[ wwPDB ニュース ]

2017-05-03 (last edited: 1 month ago)2017-05-08
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