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PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。

wwPDBは、PDBアーカイブの全てのエントリーのPDBx/mmCIF構造データを、PDBx/mmCIF辞書のV5バージョンに従ったもの へ更新する準備を進めています。 更新が完了すると、全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用されている改定データモデルに従うようになります。 変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトからご覧頂けます (https://www.wwpdb.org/documentation/remediation)。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org/deposition/system-information日本語版) は、現在PDBで受け付けられる実験手法によって解析された構造の登録、アノテーション、検証をサポートしてきました。

更新された構造ファイルは、新しいPDB FTPサーバー(ftp://ftp-beta.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/)で、ご利用頂けるようになり、 対応するPDBx/mmCIF辞書は、2017年5月に公開されます。 2016年12月に公開された、更新版の電子顕微鏡法による構造ファイルは、現在は、 テスト用FTP領域 (ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/test_data/EM/) に含まれますが、2017年5月の新サイトでの公開と同時に廃止されます。

2017年7月には、現在のPDB FTPアーカイブにあるファイルは、V5のPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルで、置き換わります。 それまでに、更新版のデータファイルを確認してください。

[ wwPDB ニュース ]

2017-03-23
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