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PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。

wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。

新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア(2017)やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。

更新されたレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

更新前の検証レポートは、RCSB PDBPDBj のスナップショットにて、ご覧頂けます。

更新された検証レポートでは、検証に関する専門委員会(Validation Task Force) の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 (NatureeLifeThe Journal of Biological Chemistrythe International Union of Crystallography (IUCr) journalsFEBS journalsJournal of ImmunologyAngew Chem Int Ed Engl) では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。

また、OneDep(wwPDBの登録・アノテーション・検証ポータルシステム)では、登録者に検証レポートが提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線NMR電子顕微鏡(EM) 、リガンド検証の専門委員会(VTF)からの意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

検証レポートについての詳細な情報とサンプルは、 こちらでご覧頂けます

検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せくださ い。

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2017-03-16 (last edited: 4 months ago)2017-03-17
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