ニュース (2016年10月15日)

PDBの電子顕微鏡エントリーの改善

wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクト ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578576)は、PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新中です。 更新が完了すると、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改定データモデルに従うようになります。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org/deposition/system-information、日本語版) は、 電子顕微鏡構造の登録、アノテーション、検証をサポートしており、マップとモデル座標の登録を完全に統合しています。

2016年12月に、改良されたモデルファイルの例が、FTPアーカイブの新しいディレクトリ(ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/test_data/EM/)に配置され、 改良データに対応するPDBx/mmCIF辞書も公開される予定です。 2017年に、現在のPDBアーカイブにあるファイルは、更新されたPDBx/mmCIF辞書に対応した新しいファイルに置き換わる予定です。

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