NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。

NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。

wwPDBパートナーとEMDataBankは、PDBアーカイブの全てのNMR構造と電子顕微鏡法による構造に対して、 検証レポートが公開されたことを報告いたします。

新しい検証レポートは、以下の各FTPサイトからご利用頂けます。

• ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
• ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB)
• ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
• ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

新しい検証レポートは、 NMRまたは電子顕微鏡法によって決定された原子モデル座標を検討し、そして、 NMRで決定された原子モデル座標と、元となる実験データを比較することによって、 個々の構造の品質を評価します。 解釈が容易な要約情報では、アーカイブ全体の中で、原子モデルと構造モデルの品質が比較され、 PDBデータの利用者が個々のエントリーの品質を厳密に評価しやすくなります。

新しい検証レポートは、 NMRと電子顕微鏡法（3DEM）の検証に関する 専門家グループの意見を取り入れる一方、X線結晶構造に対して発展された検証スキーマの要素を再利用しています。 X線、NMR、電子顕微鏡法に特化した検証のパイプラインは、 より大きな構想である、wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムの一部として、開発されてきました。 このシステムは、wwPDBの各登録拠点において、登録・アノテーション・検証の手法を統一するために作られました。

2016年1月から、 NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが、wwPDBの登録・アノテーションシステムの一部として 登録者に提供されてきました。これによって、登録者は、PDBへの登録や文献の出版の前に、解決すべき問題を特定しやすくなりました。

新しい検証レポートのユーザガイドを含む、詳細な情報は、wwPDBサイトをご覧ください。 また、新しい検証レポートに対するご意見を歓迎します。 検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

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