H27年度 PDBj & 創薬等PF情報拠点VaProS第4回利用講習会
「生命科学のための立体構造データ・ビッグデータの使い方入門」

立体構造データや様々な生命科学データベースの利用法を知っていただくため、PDBjVaProSの二つのデータベースの使い方を中心に、 パソコンを用いた講習会を開催いたします。UCSF ChimeraModellerを用いたホモロジー・モデリングの方法も説明いたします。 構造生物学が専門ではない、一般の生命科学者の方の参加も歓迎いたします。

趣旨 PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データは、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報をもっています。 また近年、ゲノム、相互作用データ、発現データなど膨大なデータが集積しており、 そうしたビッグデータを生かすことも生命科学にとって重要です。 本講習会では、前半は、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、 初心者にもわかりやすく説明いたします。 後半は、創薬等支援技術基盤プラットフォーム(創薬等PF)情報拠点で開発された構造生命科学データクラウドVaProSを用いた解析の講習を行います。
日時 平成28年3月15日(火)9:00-16:50
会場 大阪大学蛋白研究所(1階講堂)
定員 30名(先着順)
参加費 無料
PCについて 講習会ではPCを使用します。
  • 原則として各自でノートPCをご持参いただくようお願いいたします。無線LANが使用できるPCであれば、 OSはWindowsでもMacでもかまいません。
  • 希望者にはPCの貸出(Windows 8.1)も行いますが、先着14台までと数に限りがあります。
  • ウェブブラウザと下記の3つのソフトウエアがインストールされている必要があります。 詳しくは下記「事前準備とPCの持ち込みについて」をご参照下さい。これらのソフトウエアにはライセンス上の制約があ るものがありますのでご注意ください。
  • ブラウザとしてGoogle ChromeおよびMicrosoft Edgeを使用することは避けてください。講習会で使用するウェブサービスの機能の一部がこれらの ブラウザでは動作しません。その他のブラウザ(Internet Explorer、Firefox, Safariなど)の準備をお勧めします。
  • PCを持参される方は、マウスも合わせてご持参されることをお勧めします。
主催 創薬等支援技術基盤プラットフォーム日本蛋白質構造データバンク(PDBj)
共催 大阪大学蛋白質研究所
問い合わせ お問い合わせフォームまたは電話(06-6879-4311)にてお願いします(担当:PDBj 事務局 晴氣

<事前準備とPCの持ち込みについて>

講習には下記3つのアプリケーションがインストールされた環境が必要となります。 PCを持参される方は、下記リンク先のインストール手順を参考にあらかじめインストールしておいて頂きますようお願いします。インストールでき ないなど何か問題があれば問い合わせフォームよりお問い合わせ下さい。

なお、UCSF ChimeraModellerの無料ライセンス版は大学などアカデミックな機関に所属される方のみご利用になれます。 ご所属が企業などその他の機関の方については、持参されるPCにこれらのアプリケーションをインストールする際に有償の商用ライセンス が必要となります。 商用ライセンスを購入される予定のない方はこちらで貸し出すPC(Windows 8.1)をご利用下さい。台数には限りがありますので早めの事前登録をお願い致します(PC貸与は先着14台まで)。


<講習会プログラム>

  1. 08:45~ 受付開始
  2. 09:00~09:05 はじめに
    講師:中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所)
  3. 09:05~10:00 PDBデータの検索・見方
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所)
  4. 10:10~11:10 タンパク質の立体構造を見る
    講師:鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所)
  5. 11:20~12:20 UCSF ChimeraとMODELLERを用いたホモロジー・モデリング
    講師:川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)
  6. 13:30~14:30 HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング
    講師:川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)
  7. 14:40~15:40 VaProSでなにができるのか? -遺伝子から相互作用まで-
    講師:池尾 一穂 (国立遺伝学研究所)
  8. 15:50~16:50 天然リガンドデータベースと遺伝子共発現 データベースの紹介
    *要パスワード(パスワードは受講者にお知らせします)
    講師:木下 賢吾 (東北大学大学院情報科学研究科)
講習会要旨 (156KB)
2016-01-19 (last edited: more than 1 year ago)2016-03-16
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