wwPDBの登録・アノテーションシステムから、NMRと電子顕微鏡法（3DEM）で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。

wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムから、電子顕微鏡法（3DEM）、NMR、X線、中性子線、電子線結晶解析で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 現在は、以下のサイトからご登録頂けます。
http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/

新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、PDBへの原子座標の登録と、EMDBへのEM電子密度マップの登録、又はBMRBへのNMR実験データの登録を、合せて行うことができます。構造が登録されれば、PDBとEMDB、BMRBのアクセションコードが発行されます。

概要は、以下のチュートリアルをご覧ください。
http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial（英語）
http://pdbj.org/help/wwpdb_dep_tutorial（日本語）

2014年1月に、wwPDBは、構造データの登録及びアノテーションの国際的に統一されたシステムを発表する第一段階として、X線結晶構造を対象に、新しい登録・アノテーションシステムを立ち上げました。 12,000件以上のX線結晶構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのうち6,800件以上がすでに公開されています。

X線/電子顕微鏡法/NMRを統合した包括的な登録・アノテーションシステムにおいて、新しく追加、又は、改良された特徴には、以下のような点が含まれます。 wwPDBの専門委員会（wwPDB Task Force）の推奨^1,2,3に従った検証レポートが生成されること、リガンド情報の考察機能の改善、登録前と登録後に座標や実験データを差し替える機能、登録者とwwPDB アノテーター間のコミュニケーション手続きが改善されたこと、など。

登録者は、少なくとも2016年の前半の間は、新しい登録を開始するにあたって、新しいシステムを使うことも、従来の登録ツール（EMDep, ADIT-NMR, AutoDep）を使うこともできます。

新しいシステムが安定して稼働するようになれば、従来の登録ツールは、登録途中のセッションを完了させるために十分な期間をおいた後、停止する予定です。この手続きは、2015年始めに、X線結晶構造の登録を受け付けていたADITシステムを、無事に終了させた手続きと同じです。

【参考文献】

1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data Bank, Randy J. Read, Paul D. Adams, W. Bryan Arendall III, Axel T. Brunger, Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. Richardson, William H. Sheffler, Janet L. Smith, Ian J. Tickle, Gert Vriend and Peter H. Zwart. (2011) Structure 19: 1395-1412 doi: 10.1016/j.str.2011.08.006
2. Outcome of the First Electron Microscopy Validation Task Force Meeting, Richard Henderson, Andrej Sali, Matthew L. Baker, Bridget Carragher, Batsal Devkota, Kenneth H. Downing, Edward H. Egelman, Zukang Feng, Joachim Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F. Schröder, Alasdair C. Steven, David L. Stokes, John D. Westbrook, Willy Wriggers, Huanwang Yang, Jasmine Young, Helen M. Berman, Wah Chiu, Gerard J. Kleywegt, and Catherine L. Lawson. (2012) Structure 20: 205-214 doi:10.1016/j.str.2011.12.014
3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, Peter Güntert, Torsten Herrmann, Jane S. Richardson, Charles D. Schwieters, Wim F. Vranken, Geerten W. Vuister, David S. Wishart, Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, and John L. Markley. (2013) Structure 21: 1563-1570 doi:10.1016/j.str.2013.07.021

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