ニュース (2015年7月29日)
PDBとCSDの登録データ対応情報の提供を始めました
国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）とケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC http://www.ccdc.cam.ac.uk）より、 PDBに登録されている生体高分子と、PDBのリガンド分子でCSDの低分子X線結晶構造と完全に一致するものとの対応情報を含む新たなデータの提供開始をお知らせします。
PDBに登録されている各分子の化学構造は全て PDB化合物辞書（PDB Chemical Component Dictionary） に書かれています。 今回新たに提供するPDB化合物モデルファイル（PDB Chemical Component Model data file）はPDBの情報を補完するもので、その化合物についてのCSD情報（アクセッションコード、座標、R値、データ収集時の温度、構造不定部分を示すフラグ、SMILES表記やInChI表記、CSDエントリーの引用文献のDOI）が記されています。
現在、20,077種の化合物がPDB化合物辞書に登録されています。そのうち1,418種に対しては、完全に一致する構造がCSDにも登録されています。 新しい化合物モデルファイルは、PDB FTPアーカイブより参照できます。アドレスは以下の通りです。
PDB化合物モデルデータファイルは、毎月第一週に更新されます。 現在は全化合物の情報を一つのファイルで提供していますが、 今年中には、化合物ごとのモデルファイルとPDB化合物辞書の提供も開始する予定です。 なお、PDBjでは個別化合物のPDB化合物辞書ファイルの提供を既に始めています。 化合物ページまたはRESTサービスをご利用下さい。 wwPDB各局とCCDCで作成したこれらのファイルは、制限なくご自由にご利用頂けます。
CCDCの取り組みは、BBSRCのPDBeへの助成BB/K016970/1の支援を受けて、また、RCSB PDBの取り組みはNSFの助成DBI-1338415の支援を受けて行われました。
ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）について
ケンブリッジ結晶学データセンターは、公共の利益となる化学と結晶学の発展に貢献し、 共同研究とケンブリッジ結晶学データベース（CSD）の開発により世界中で構造化学の支援を行っています。 CSDは世界で唯一の総合的かつ最新の低分子結晶構造の知識データベースで、内容は十分に精査されています。
CSDは、世界で初めての数値データベースとして、50年前に設立され、現在では775,000件以上の化学種が登録されています。 CCDCでは最新の構造解析ソフトウェアを提供し、受容体モデルやリガンドの設計、ドッキング、活性向上化（リード最適化）、処方設計、材料研究などに役立つ専門研究用サービスを行うことによって、CSDをより役立つものにしています。 CSDおよびそれに関連するソフトウェアサービスは、 80か国のアカデミックな研究機関、世界の主要製薬会社を含む、世界中の約1,400の研究機関で利用されています。
ケンブリッジ大学の化学学部から始まったCCDCは、 現在、英国研究委員会の独立研究組織であり、慈善団体として設立されたケンブリッジ大学の提携機関でもあります。 CCDCは、50年間の科学的専門知識をもって750以上の査読済み出版物を発表し、基礎研究分野で大きな実績を残しました。
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