巨大構造がメインのPDB FTPアーカイブ内に統合されました

9月にお知らせした通り、今週の更新で、巨大構造（鎖数が62、原子数が99999より多い構造）を表現するファイルは、 PDBx/mmCIFとPDBMLフォーマットのみ、メインのPDB FTPアーカイブに完全に統合されました。 これまでは、巨大構造は複数の”分割（SPLIT）”エントリーにまたがって表現されていましたが、分割エントリーは削除（廃止）されました。 ”分割（SPLIT）”エントリーのIDをwwPDBパートナーのウェブサイトで検索すると、自動的に、統合された巨大構造エントリーの結果が返ります。

FTPアーカイブ上の別のディレクトリには、TARファイルが置かれます。 この中には、著者、引用文献の詳細、座標データ等、巨大構造に対して”可能な範囲で表現された (best-effort, minimal)” 制限付きPDBフォーマットファイル群と 巨大構造の鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載した マッピングファイルが含まれます。 巨大構造に対するDOIは、これらTARファイルを指しています。

巨大構造は、PDBx/mmCIFとPDBMLフォーマットのみ、メインのPDB FTPアーカイブに置かれます。 また、生物学的単位のファイルも、PDBx/mmCIFフォーマットで置かれます。 PDBフォーマットの限界を超えない構造に対しては、しばらくの間は、PDBフォーマットファイルも提供が続けられます。

この変更が行われる前のFTPアーカイブのスナップショットは、RCSB PDBとPDBjのFTPサイトからご利用頂けます。

メインのFTPアーカイブ
巨大構造ファイルは、PDBのメインのFTPアーカイブに統合されました

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/    (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/structures/    (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/    (PDBj)

廃止用ディレクトリ
巨大構造に対応する”分割（SPLIT）”エントリーは、廃止用のディレクトリに移動されました。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/    (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/structures/obsolete    (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/    (PDBj)

巨大構造の制限付きPDBフォーマットファイル用の新しいディレクトリ
”可能な範囲で表現された (best-effort, minimal)”PDBフォーマットファイルと関連するPDB ID一覧のインデックスファイルを含むTARファイルは、以下のディレクトリで提供されています。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle     (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/compatible/pdb_bundle     (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle     (PDBj)

巨大構造の生物学的単位ファイル用の新しいディレクトリ
巨大構造の生物学的単位はPDBx/mmCIFフォーマットで表現され、以下のディレクトリからご利用頂けます。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/mmCIF/     (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/biounit/mmCIF/     (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/biounit/mmCIF/     (PDBj)

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