巨大構造がメインのPDB FTPアーカイブ内に統合されます

wwPDBは、これまで複数のPDBフォーマットファイル（分割エントリー）にまたがって表現されてきた巨大構造（例えばリボソーム）を一つのファイルに統合しました。 統合された構造には新しいPDB IDが発行され、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットの形で提供されています。 既にお知らせしている通り、統合化されたファイルは、公開テストのため、別のFTPディレクトリで、利用可能となっていました。

これら巨大構造を表現するファイルは、2014年12月10日の更新タイミングで、メインのPDB FTPアーカイブに完全に統合される予定です。 wwPDBメンバーサイトで、”分割（SPLIT）”エントリーのIDを検索すると、自動的に、統合された巨大構造エントリーの結果が返るようになります。

同じ更新タイミングで、FTPアーカイブ上の別のディレクトリには、tarファイルが置かれます。 この中には、著者、引用文献の詳細、座標データ等、巨大構造に対して”可能な範囲で表現された”制限付きPDBフォーマットファイル群と 巨大構造の鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルが含まれます。

2014年12月10日以降は、巨大構造（鎖数が62、原子数が99999より多い構造）は、PDBx/mmCIFとPDBMLフォーマットのみ、メインのPDB FTPアーカイブに置かれます。 PDBフォーマットの限界を超えない構造に対しては、しばらくの間は、PDBフォーマットファイルも提供が続けられます。

メインのFTPアーカイブ
巨大構造ファイルは、2014年12月10日以降は、PDBのメインのFTPアーカイブに統合されます。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/    (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/structures/    (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/    (PDBj)

廃止用ディレクトリ
巨大構造に対応する”分割（SPLIT）”エントリーは、2014年12月10日以降は、廃止用のディレクトリに移動されます。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/    (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/structures/obsolete    (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/    (PDBj)

巨大構造の制限付きPDBフォーマットファイル用の新しいディレクトリ
”可能な範囲で表現された”PDBフォーマットファイルが、2014年12月10日より、以下のディレクトリで提供されます。

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle    (wwPDB/RCSB PDB)
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/compatible/pdb_bundle    (PDBe)
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle    (PDBj)

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