PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが公開されました。

全てのX線結晶構造についての検証レポートが、PDBアーカイブで公開されています。 レポートは、以下のFTPサイトからご覧頂けます。

• ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
• ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
• ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)

検証レポート（約56GB）は、2014年3月19日の更新時にFTPアーカイブに追加されました。 各エントリーのファイル群は、PDB IDの２文字（2文字目と3文字目）を名前にもつディレクトリに分類されています。 例えば、1ABCのレポートは、/pdb/validation_reports/ab/1abc/というディレクトリ以下で公開されています。 ファイルは全て、gzip フォーマット(http://www.gzip.org/)で圧縮されています。

各エントリーごとに、５種類のファイルが公開されています。

• 標準版のwwPDB検証レポート（PDF）　(例：1abc_validation.pdf.gz)
• 完全版のwwPDB検証レポート（PDF）　(例：1abc_full_validation.pdf.gz)
• 全体的な品質を表す画像（PNG）　(例：1abc_multipercentile_validation.png.gz)
• 全体的な品質を表す画像（SVG）　(例：1abc_multipercentile_validation.svg.gz)
• 診断

PDBアーカイブからのデータのダウンロード方法は、 こちらをご覧ください。

この検証レポートでは、モデル座標と実験データ、及びこれら２つの一致度を考慮することによって、解析された構造の品質を評価することができます。あるモデルとアーカイブ中の他のモデルの品質を比較した要約情報は、容易に解釈することができ、PDBデータの利用者は、アーカイブ中の構造を評価し、ニーズに合った最も適切な構造モデルを選択することができます。

このレポートは、検証に関する専門家グループの意見を取り入れ、より大きな構想である、wwPDBの新登録・編集システムの一部として、開発されてきました。 新システムは、wwPDBの各登録拠点において、共通する全ての構造決定手法に対して、登録・編集ツールや方法を統一するために作られました。

2013年8月以降、wwPDBはX線結晶構造のアノテーション過程で、この新しい検証レポートを登録者に提供してきました。 更に最近では、wwPDBの検証サーバーのサービスを開始したことで、研究者は、登録前に必要に応じて検証レポートを作成することができるようになりました。

X線結晶構造の検証レポートのサンプルなど、詳細な情報は、wwPDBサイトをご覧ください。 新しい検証レポートに対するご意見を歓迎します。 検証レポートに対するコメントやご質問などは、validation@mail.wwpdb.orgまでお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]