8OKB

SARS-CoV2 NSP5 in complex with a peptidomimetic ligand

8OKB の概要

• エントリーDOI: 10.2210/pdb8okb/pdb
• 関連するPDBエントリー: 7nwx 7nxh 8b0s 8b0t
• 分子名称: 3C-like proteinase nsp5, methyl (4~{S})-4-[[(2~{S})-4-methyl-2-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoyl]amino]-5-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate (3 entities in total)
• 機能のキーワード: nsp5, sars-cov2, 3clpro, protac, viral protein
• 由来する生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
• タンパク質・核酸の鎖数: 1
• 化学式量合計: 34287.10

構造登録者

Calderone, V. (登録日: 2023-03-28, 公開日: 2024-01-17, 最終更新日: 2024-02-28)

• 主引用文献: Grifagni, D.,Lenci, E.,De Santis, A.,Orsetti, A.,Barracchia, C.G.,Tedesco, F.,Bellini Puglielli, R.,Lucarelli, F.,Lauriola, A.,Assfalg, M.,Cantini, F.,Calderone, V.,Guardavaccaro, D.,Trabocchi, A.,D'Onofrio, M.,Ciofi-Baffoni, S.; Development of a GC-376 Based Peptidomimetic PROTAC as a Degrader of 3-Chymotrypsin-like Protease of SARS-CoV-2.; Acs Med.Chem.Lett., 15:250-257, 2024; PubMed: 38352832; DOI: 10.1021/acsmedchemlett.3c00498

実験手法

X-RAY DIFFRACTION (2.31 Å)