2TBV

STRUCTURE OF TOMATO BUSHY STUNT VIRUS. V. COAT PROTEIN SEQUENCE DETERMINATION AND ITS STRUCTURAL IMPLICATIONS

> 概要

2TBV の概要

分子名称TOMATO BUSHY STUNT VIRUS, CALCIUM ION (2 entities in total)
機能のキーワードvirus, icosahedral virus
由来する生物種Tomato bushy stunt virus
細胞内の位置Virion (Potential) P11795
ポリマー鎖数3
分子量合計121968.5
構造登録者
Harrison, S.C. (登録日: 1984-06-22, 公開日: 1984-07-20, 最終更新日: 2011-07-13)
主引用文献
Hopper, P.,Harrison, S.C.,Sauer, R.T.
Structure of tomato bushy stunt virus. V. Coat protein sequence determination and its structural implications
J.Mol.Biol., 177:701-713, 1984
PubMed: 6481803 (主引用文献が同じPDBエントリー)
DOI: 10.1016/0022-2836(84)90045-7
MImport into Mendeley
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å)
?

構造検証レポート

ClashscoreRamachandran outliersSidechain outliers14111.2%6.5%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
検証レポート(詳細版)をダウンロード

他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 2tbv
回転なし
Molmil generated image of 2tbv
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 2tbv
y軸(上下方向)周りに90°回転

他の静止画像(生物学的単位)

Molmil generated image of 2tbv
回転なし
Molmil generated image of 2tbv
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 2tbv
y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (2tbv.pdb1.gz [6.59 MB])

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
A, B, CTOMATO BUSHY STUNT VIRUSpolymer38740576.03
UniProt (P11795)
Pfam (PF00729)
Tomato bushy stunt virus
CALCIUM IONnon-polymer40.16

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数3
分子量合計121728.0
非ポリマー*分子数6
分子量合計240.5
全て*分子量合計121968.5
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å)

格子定数 [Å]383.200383.200383.200
格子定数 [度]90.0090.0090.00
空間群I 2 3
分解能 [Å] (低 - 高) - 2.90
最も高い分解能シェルの値 -

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高) -
最も高い分解能シェルの値 -

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*
Olson, A.J., (1983) J. Mol. Biol., 171, 61.

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
A0039617cellular_componentT=3 icosahedral viral capsid
A0003723molecular_functionRNA binding
A0005198molecular_functionstructural molecule activity
B0039617cellular_componentT=3 icosahedral viral capsid
B0003723molecular_functionRNA binding
B0005198molecular_functionstructural molecule activity
C0039617cellular_componentT=3 icosahedral viral capsid
C0003723molecular_functionRNA binding
C0005198molecular_functionstructural molecule activity
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
AC14BINDING SITE FOR RESIDUE CA C 388
鎖名残基
AASP153
AASP225
CASP183
CASP186

AC24BINDING SITE FOR RESIDUE CA C 389
鎖名残基
BASP183
BASP186
CASP153
CASP225

AC35BINDING SITE FOR RESIDUE CA A 388
鎖名残基
AASP183
AASP186
BASP153
BASP225
BGLN267

AC43BINDING SITE FOR RESIDUE CA A 389
鎖名残基
AASP153
AGLN267
CASP181

AC53BINDING SITE FOR RESIDUE CA B 388
鎖名残基
BASP181
BASP186
CGLN267

AC62BINDING SITE FOR RESIDUE CA A 390
鎖名残基
AASP181
BGLN267

?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
PS0055578Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. [FYW]-x-[PSTA]-x(7)-G-x-[LIVM]-x-[LIVM]-x-[FYWI]-x(2)-D-x(5)-P
鎖名残基詳細
ATYR164-PRO189
BTYR164-PRO189
CTYR164-PRO189

?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

> 構造ビューア

PDBj@FacebookPDBj@TwitterwwPDBwwPDB FoundationEM DataBank

Copyright © 2013-2018 日本蛋白質構造データバンク