1SVA

SIMIAN VIRUS 40

> 概要

1SVA の概要

分子名称SIMIAN VIRUS 40 (1 entity in total)
機能のキーワードvirus coat protein, icosahedral virus, virus
由来する生物種Simian virus 40
細胞内の位置Virion P03087
ポリマー鎖数6
分子量合計238913.81
構造登録者
Stehle, T.,Gamblin, S.J.,Harrison, S.C. (登録日: 1995-11-27, 公開日: 1996-06-10, 最終更新日: 2011-07-13)
主引用文献
Stehle, T.,Gamblin, S.J.,Yan, Y.,Harrison, S.C.
The structure of simian virus 40 refined at 3.1 A resolution.
Structure, 4:165-182, 1996
PubMed: 8805523 (主引用文献が同じPDBエントリー)
DOI: 10.1016/S0969-2126(96)00020-2
MImport into Mendeley
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å)
?

構造検証レポート

ClashscoreRamachandran outliersSidechain outliers394.2%15.2%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 1sva
回転なし
Molmil generated image of 1sva
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 1sva
y軸(上下方向)周りに90°回転

他の静止画像(生物学的単位)

Molmil generated image of 1sva
回転なし
Molmil generated image of 1sva
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 1sva
y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (1sva.pdb1.gz [18.95 MB])

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
1, 2, 3, 4, 5...SIMIAN VIRUS 40polymer36139819.06
UniProt (P03087)
Pfam (PF00718)
Simian virus 40

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数6
分子量合計238913.8
非ポリマー*分子数0
分子量合計0.0
全て*分子量合計238913.8
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å)

格子定数 [Å]558.000558.000558.000
格子定数 [度]90.0090.0090.00
空間群I 2 3
分解能 [Å] (低 - 高)12.00 - 3.10
最も高い分解能シェルの値 -
R因子0.257
R-work0.25700 (0.00000*)
R-free0.26800

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)12.00 - 3.10
最も高い分解能シェルの値3.30* - 3.10*
独立反射数402347
Rmerge_l_obs0.097*
最も高い分解能シェルの値0.441*
完全性 [%]80.2
最も高い分解能シェルの値62.6*
I/sigma(I)0

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1Vapor diffusion, hanging drop*25**

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
11dropvirus5-10 (mg/ml)
21reservoirammonium sulfate50 (%sat)
31reservoir10 (mM)
41reservoir0.5 (mM)
注釈情報は下記文献より抽出しています*
Lattmann, E.E., (1980) Science, 208, 1048.

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
10046727cellular_componentcapsomere
10044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
10042025cellular_componenthost cell nucleus
10039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
10042802molecular_functionidentical protein binding
10005198molecular_functionstructural molecule activity
10075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
10051260biological_processprotein homooligomerization
10019069biological_processviral capsid assembly
10019062biological_processvirion attachment to host cell
20046727cellular_componentcapsomere
20044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
20042025cellular_componenthost cell nucleus
20039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
20042802molecular_functionidentical protein binding
20005198molecular_functionstructural molecule activity
20075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
20051260biological_processprotein homooligomerization
20019069biological_processviral capsid assembly
20019062biological_processvirion attachment to host cell
30046727cellular_componentcapsomere
30044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
30042025cellular_componenthost cell nucleus
30039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
30042802molecular_functionidentical protein binding
30005198molecular_functionstructural molecule activity
30075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
30051260biological_processprotein homooligomerization
30019069biological_processviral capsid assembly
30019062biological_processvirion attachment to host cell
40046727cellular_componentcapsomere
40044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
40042025cellular_componenthost cell nucleus
40039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
40042802molecular_functionidentical protein binding
40005198molecular_functionstructural molecule activity
40075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
40051260biological_processprotein homooligomerization
40019069biological_processviral capsid assembly
40019062biological_processvirion attachment to host cell
50046727cellular_componentcapsomere
50044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
50042025cellular_componenthost cell nucleus
50039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
50042802molecular_functionidentical protein binding
50005198molecular_functionstructural molecule activity
50075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
50051260biological_processprotein homooligomerization
50019069biological_processviral capsid assembly
50019062biological_processvirion attachment to host cell
60046727cellular_componentcapsomere
60044165cellular_componenthost cell endoplasmic reticulum
60042025cellular_componenthost cell nucleus
60039620cellular_componentT=7 icosahedral viral capsid
60042802molecular_functionidentical protein binding
60005198molecular_functionstructural molecule activity
60075513biological_processcaveolin-mediated endocytosis of virus by host cell
60051260biological_processprotein homooligomerization
60019069biological_processviral capsid assembly
60019062biological_processvirion attachment to host cell
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
PS0017872Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. P-x(0,2)-[GSTAN]-[DENQGAPK]-x-[LIVMFP]-[HT]-[LIVMYAC]-G-[HNTG]
鎖名残基詳細
1PRO96-ILE107
2PRO96-ILE107
3PRO96-ILE107
4PRO96-ILE107
5PRO96-ILE107
6PRO96-ILE107

?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

> 構造ビューア

リソース

ファイル形式ファイル名 (ファイルサイズ)
PDB全ての情報pdb1sva.ent.gz (336.82 KB)
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全ての情報 (非圧縮)pdb1sva.ent (1.33 MB)
ヘッダのみpdb1sva.ent.gz (12.3 KB)
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PDBx/mmCIF1sva.cif.gz (391.65 KB)
PDBML
全ての情報1sva.xml.gz (541.96 KB)
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ヘッダのみ1sva-noatom.xml.gz (55.01 KB)
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座標情報のみ1sva-extatom.xml.gz (366.95 KB)
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PDBMLplus全ての情報1sva-plus.xml.gz (544.63 KB)
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ヘッダのみ1sva-plus-noatom.xml.gz (57.68 KB)
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付加情報のみ1sva-add.xml.gz (2.67 KB)
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RDF1sva.rdf.gz (128.23 KB)
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生物学的単位 (PDB形式)1sva.pdb1.gz (18.95 MB) (1,2,3,4,5,...)
*complete icosahedral assembly, 360 molecule(s) (complete icosahedral assembly)
検証レポートPDF1sva​_validation.pdf.gz (418.66 KB)
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PDF-full1sva​_full​_validation.pdf.gz (545.43 KB)
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XML1sva​_validation.xml.gz (56.67 KB)
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PNG1sva​_multipercentile​_validation.png.gz (108.71 KB)
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SVG1sva​_multipercentile​_validation.svg.gz (803 B)
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Sequence (fasta)1sva​_seq.txt
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