PDBアーカイブ / スナップショットアーカイブからのダウンロード

このページの他言語版もあります: English

PDBアーカイブ

現在公開しているPDBの元データはPDBアーカイブから入手することができます。内容は毎週水曜日の９時（日本時間）に更新されます。
(次世代アーカイブについては、毎月第１水曜日の９時（日本時間）に更新されます。）

使用できるプロトコルはhttps、ftp、rsyncです。
PDBアーカイブは、従来からあり最新版だけを保持しているメインアーカイブ（files.pdbj.org）と各主要バージョンを収容しているversionedアーカイブ（files-versioned.pdbj.org）、およびPDBコアアーカイブの座標ファイルに、UniProt、SCOP2、Pfamなどの外部リソースの配列アノテーションを原子、残基、鎖レベルで追加した次世代アーカイブ（files-nextgen.pdbj.org）があります。
さらに、2021/5/27のPDBj Mine2 リニューアルに伴い、PDBj独自のデータ群を整備したデータアーカイブ（data.pdbjlc1.pdbj.org)も公開され、二次的に作成しているデータ（pdbjplus、mmjson、RDFなど）も配布しています。
この新しいアーカイブには、wwPDB コアアーカイブ、wwPDB versionedアーカイブ、wwPDB 次世代アーカイブも含まれています。
PDBjから提供しているPDBアーカイブにはwwPDBのPDBアーカイブと全く同一の内容が含まれています。

アーカイブ	プロトコル
アーカイブ	https	ftp	rsync
wwPDB コアアーカイブ@PDBj	https://files.pdbj.org/	ftp://ftp.pdbj.org/	rsync -az rsync.pdbj.org::
wwPDB versionedアーカイブ@PDBj	https://files-versioned.pdbj.org/	ftp://ftp-versioned.pdbj.org/	rsync -az rsync-versioned.pdbj.org::
wwPDB 次世代アーカイブ@PDBj	https://files-nextgen.pdbj.org/	ftp://ftp-nextgen.pdbj.org/	rsync -az rsync-nextgen.pdbj.org::
PDBjデータアーカイブ (wwPDBアーカイブ含む)	https://data.pdbjlc1.pdbj.org/	ftp://data.pdbjlc1.pdbj.org/	rsync -az data.pdbjlc1.pdbj.org::

以下にダウンロード方法の概要を示します。アーカイブのディレクトリ構成の詳細については、PDBj FTPサイトの詳細をご覧下さい。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、PDBj FTPサイト(ftp://ftp.pdbj.org/) にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、PDBアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

 $ rsync data.pdbjlc1.pdbj.org::
Welcome to PDBj FTP site.

ftp               Top level of pdb data ftp tree aproximately 1.3T ( /pub/pdb )
ftp_data          Data directory within ftp archive aproximately 652G ( /pub/pdb/data )
ftp_derived       Derived data directory within ftp archive aproximately 467M ( /pub/pdb/derived_data )
ftp_doc           Doc directory within ftp archive aproximately 391M ( /pub/pdb/doc )
emdb              Top level of emdb data ftp tree aproximately 13T ( /pub/emdb )
ftp_versioned     Top level of pdb_versioned data ftp tree aproximately 237G ( /pdb_versioned )
pdb_nextgen       Top level of NextGen PDB archive tree approximately 85G ( /pdb_nextgen )
rsync             Top level of PDBj FTP tree aproximately 21T ( / )

全てのPDBフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete rsync.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb

全てのPDB exchange (mmCIF) フォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete rsync.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF

全てのPDBMLフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete rsync.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML

全てのEMDBファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete rsync.pdbj.org::emdb/ ./emdb

[スナップショットアーカイブ]

毎年最初のリリースおよびremediationの直前のFTPアーカイブをスナップショットアーカイブとしてwwPDB (https://s3snapshots.rcsb.org/) で公開しております。PDBjでは、 snapshots.pdbj.org からrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、PDBjスナップショットアーカイブ (ftp://snapshots.pdbj.org/) にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、スナップアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

 $ rsync snapshots.pdbj.org::

all             Entire Snapshots archive
20050106        January 6, 2005 snapshot
20060103        January 3, 2006 snapshot
20070102        January 2, 2007 snapshot
20070731        July 31, 2007 snapshot
20080107        January 7, 2008 snapshot
20090105        January 5, 2009 snapshot
20090316        March 16, 2009 snapshot
20100104        January 4, 2010 snapshot
20110103        January 3, 2011 snapshot
20110707        July 7, 2011 snapshot
20120102        January 2, 2012 snapshot
20130101        January 1, 2013 snapshot
20140102        January 2, 2014 snapshot
20141203        December 3, 2014 snapshot
20150102        January 2, 2015 snapshot
20160101        January 1, 2016 snapshot
20160302        March 2, 2016 snapshot (Validation Reports Only)
20170101        January 1, 2017 snapshot
20170308        March 8, 2017 snapshot (Validation Reports Only)
20170710        July 10, 2017 snapshot
20180101        January 1, 2018 snapshot
20180321        March 21, 2018 snapshot (Validation Reports Only)
20190101        January 1, 2019 snapshot
20200101        January 1, 2020 snapshot
20200610        June 10, 2020 snapshot (Validation Reports Only)
20200722        July 22, 2020 snapshot
20200916        September 16, 2020 snapshot (Validation Reports Only)
20210105        January 5, 2021 snapshot
20220103        January 3, 2022 snapshot
20230102        January 2, 2023 snapshot
20240101        January 1, 2024 snapshot
20250101        January 1, 2025 snapshot

2005-01-06のスナップショットをダウンロードして20050106_snapshotディレクトリに保存する場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz snapshots.pdbj.org::20050106 20050106_snapshot

作成日: 2021-01-06 (最終更新日: more than 1 year ago)