PDBj ヘルプページ
PDBj(日本蛋白質構造データバンク Protein Data Bank Japan)は、
- 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)の一員で、各構成組織(米国RCSB、BMRB、および欧州PDBe)と協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「PDB」を運営しています。
- 日本国内では「JST-NBDC」と「大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費(文部科学省)」の支援を受けています。
- 後述の「PDBアーカイブ」の提供を行っている他、PDBj独自に実験情報などの追加を行ったPDBMLaddも提供しています。
- 主にアジア・中東地区からのデータ登録処理を行っています。
PDBは、
- 生体高分子の立体構造情報(構成する原子の原子座標情報)およびそれに付随する実験データなどを収めたデータバンクです。
- 現在、実験的に解かれた構造のデータのみをメインデータとして収めています。2002年6月30日までは理論モデルも登録されていましたが、現在理論モデルエントリーは廃止扱いとなっています(理論モデルの他、置き換えにより廃止となったエントリーのデータも別ディレクトリに保管されているため、PDBアーカイブより参照することはできます。詳細はPDBj FTPサイトの詳細を参照下さい)。
- mmCIF形式を大元のデータとしています。そしてmmCIFの内容に基づき以下の書式でもデータ提供を行っています(詳細はPDBデータの書式参照)。
- wwPDB各メンバーで分担して登録処理を行われ、一旦集められて世界共通の「PDBアーカイブ」としてwwPDB各メンバーサイトから公開されています。
PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。
*PDBjサービスの詳細については、PDBjサービスについてを参照してください。
PDBj各ページ上部にある検索バー(omniバー)を使うと、PDBエントリーだけでなくPDBjサイトコンテンツ全体を横断検索することができます。詳しくはomni検索をご覧ください。
PDBjサービスの基本的な使い方については基本的な使い方をご覧ください。 新しいPDBjウェブサイトのチュートリアルは、こちらからご利用頂けます。
なお、過去の講習会 の記録も参考にしてください。
作成日: 2020-12-03 (最終更新日: more than 1 year ago)