wwPDB 新登録・編集システム －よくあるご質問（FAQ）－

1. 登録セッションの開始
2. 実験手法
3. ファイル形式
4. ファイルのアップロード
5. 化合物（リガンド）
6. 配列情報
7. 登録セッションの終了
8. データの差し替え
9. コミュニケーション
10. 電子顕微鏡法（英語）

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登録セッションの開始

• 1-1) PDBへ生データを登録できますか？
• 1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。
• 1-3) 多数の関連構造を簡単に登録する方法を教えてください。
• 1-4) 以前に登録したエントリーに基づいて、新しいエントリーを登録する方法を教えてください。
• 1-5) パスワードを忘れてしまいました。どうすればよいですか？
• 1-6) パスワードを取得しようと試みたのですが、パスワードが記載された電子メールが届きません。なぜですか？
• 1-7) パスワードを初期化、又は変更できますか？
• 1-8) 構造の著者や引用文献の著者に、著者を追加する方法を教えてください。
• 1-9) 登録セッションが保管される期間を教えてください。
• 1-10) 構造予測コンテストの登録であることを指定する方法を教えてください。

実験手法

• 2-1) ハイブリッド手法の構造を登録する方法を教えてください。
• 2-2) data processing（データ処理）に使用されたソフトウェアを選ぶ際、プルダウンリストの中に使用したソフトウェア名がありません。どうやって情報を入力できますか？

ファイルフォーマット（File Formats）

• 3-1) 精密化プログラムのログファイルからデータを取得して、完全なPDBxフォーマットのファイルを生成する方法を教えてください。
• 3-2) PDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットのファイルに変換する方法を教えてください。
• 3-3) PDBフォーマットのファイルをアップロードする方法を教えてください。
• 3-4) 構造因子ファイルをmmCIFフォーマットに変換する方法を教えてください。
• 3-5) PDBフォーマットには適合しない、99,999個以上の原子や62本以上のポリマー鎖を含むエントリーを登録できますか？

ファイルのアップロード

• 4-1) アップロードしたファイルに問題がありました。問題点を一覧表示で確認する方法を教えてください。
• 4-2) ファイルのアップロードが失敗する理由を教えてください。
• 4-3) ファイルをアップロードしようとしていますが問題があり、先に進めません。PDBスタッフに連絡する方法を教えてください。

化合物（リガンド）

• 5-1) 新しい化合物（リガンド）の情報を、どのように登録することができますか？
• 5-2) 構造を登録する前に、リガンドの絵や定義ファイルをアップロードする方法を教えてください。
• 5-3) 構造を登録した後に、リガンドの絵や定義ファイルをアップロードする方法を教えてください。
• 5-4) 必須のリガンド情報を入力しましたが、”a ligand mismatch requires attention（リガンドのミスマッチに注意してください）”と表示されます。どうすればよいでしょうか？
• 5-5j) リガンドの特定処理において、ミスマッチを指摘されています。どうすれば良いですか？
• 5-6j) 登録構造中のリガンドのIDは、何を指定すればよいですか？
• 5-7j) 登録構造中のリガンドが、化合物辞書（CCD）に登録されていないリガンドの場合、どんな手続きが必要ですか？
• 5-8j) 登録構造中のリガンドが、化合物辞書（CCD）に登録されていないリガンドの場合、好きなIDを指定できますか？

配列情報

• 6-1) 非標準残基や修飾残基を含むアミノ酸配列を登録する方法を教えてください。
• 6-2) 登録構造中に同じ蛋白質鎖が複数ありますが、登録インターフェースでは、複数の高分子が表示されます。Macromolecule（高分子）ページで、一意となるポリマー鎖の数と鎖名を修正する方法を教えてください。
• 6-3) ポリマー又は配列について、詳細情報を入力する方法を教えてください。
• 6-4) 配列アラインメントの最中にミスマッチエラーを指摘されました。修正する方法を教えてください。

登録セッションの終了

• 7-1) 全ての必須項目が入力済みであるかどうか、どのようにしてわかりますか？
• 7-2) すでに、PIや連絡先著者（corresponding authors）の連絡先情報は完全に入力しましたが、ナビゲーションパネルでは、ページ内のデータが不完全であると指摘されます。なぜですか？
• 7-3) ナビゲーションパネルの指標は全て緑色に変わり、”Submit（登録）”ボタンも有効になっていますが、登録ボタンを押すと、「検証レポートをクリックしていません」と表示されます。なぜですか？

データの差し替え

• 8-1) 座標や実験データを差し替える方法を教えてください。
• 8-2) 座標ファイルのみを差し替えたいのですが、差し替えの選択肢は、「座標と構造因子ファイルを両方差し替える」です。どうやって、座標ファイルのみを差し替えられますか？
• 8-3) 座標ファイルを差し替えたとき、「ポリマー鎖の数が変更されたため、座標のマージ処理が異常終了しました。”reset all data（全てのデータを初期化する）”オプションを選択後、再実行してください」というエラーメッセージが出ました。しかし座標ファイル中の蛋白質は以前と同じもので、唯一の変更点は、XYZ座標と精密化情報のみです。
• 8-4) 登録したばかりのエントリーについて、変更する方法を教えてください。
• 8-5) アノテーション担当者が、登録セッションのロックを解除してくれたのですが、一部修正が必要な箇所はロックされたままです。どうすればよいですか？

コミュニケーション

• 9-1) 登録後の問合わせ方法を教えてください。
• 9-2) システム全般についてのフィードバックは、どのようにして伝えたらよいですか？