wwPDB 検証レポート －よくあるご質問（FAQ）－

1. レポートの種類
2. 検証レポートと登録手続き
3. 検証サーバ
4. 既存のPDBエントリーに対する検証レポート
5. 検証レポートの内容
6. 検証レポートの内容（リガンド）
7. 検証レポートの内容（X線結晶解析）

---

1. レポートの種類

• 1-1) 検証レポートには、どんな種類がありますか？
• 1-2) "Preliminary"な検証レポートでは、何がPreliminaryなのですか？
• 1-3) 検証レポートには、異常値が5個までしか表示されていません。6個以上見たいときはどうすれば良いですか？
• 1-4) 多数の異常値が表に表示され、検証レポートが非常に長くなっています。

2. 検証レポートと登録手続き

• 2-1) 登録構造の座標や実験データが一般公開される前に、どんな情報が公開されますか？
• 2-2) どんなタイミングで、登録構造についての情報が一般に公開されますか？また、どんなタイミングで座標等が公開されますか？
• 2-3) 登録者は、情報の公開について、どこまでの権限がありますか？
• 2-4) PDBに構造を登録しましたが、検証レポートを受け取っていません。なぜでしょうか？

3. 検証サーバ

• 3-1) 中間体の構造や未発表の構造について、検証レポートを得ることができますか？
• 3-2) wwPDBの検証サーバについて、もっと詳しく教えてください。
• 3-3) 解析した構造を評価するために、OneDep検証サービスのパッケージは利用できますか？

4. 既存のPDBエントリーに対する検証レポート

• 4-1) 既存のPDBエントリーについて、検証レポートを取得できますか？
• 4-2) 検証レポートがないエントリーがあるのは、なぜですか？
• 4-3) 同じエントリーに対して、昨年から、パーセンタイル順位が変わったのはなぜですか？

5. 検証レポートの内容

• 5-1) もし、検証レポートの内容が間違っていると考える場合、どうすればよいですか？
• 5-2) なぜ、REMARK 500レコードと、検証レポートは違うのですか？
• 5-3) 登録構造には水素原子間のクラッシュがないのに、検証レポートで指摘されているのはなぜですか？
• 5-4) 検証レポートでクラッシュが報告された場合、何をすべきでしょうか？
• 5-5) 分子グラフィクスプログラム（例えばCoot）で検証結果を見る方法を教えてください。

6. 検証レポートの内容（リガンド）

• 6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？
• 6-2) リガンドの検証結果、なぜこれほど多くの外れ値が出るのでしょうか？
• 6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか？
• 6-4) リガンドの検証において、登録・検証サーバの初期のレポートと、 アノテーション後にスタッフから送付される最終版のレポートで、結果に多くの矛盾があるのはなぜですか？
• 6-5) なぜ、Mogulの統計は解析に利用できないのでしょうか？
• 6-6) Ligand Of Interest (LOI)とは何ですか？
• 6-7) あるエントリー中で、いくつかのリガンドには２次元平面図や電子密度マップ画像がないのはなぜですか？

7. 検証レポートの内容（X線結晶解析）

• 7-1) PDBでは、RSRZをどのように計算していますか？
• 7-2) 精密化した電子密度マップの調査では、残基が電子密度によく一致しているのに、 検証レポートではなぜ、RSRZ外れ値が指摘されるのでしょうか？
• 7-3) RSRを再計算したいのですが、なぜEDSサーバを利用できないのでしょうか？
• 7-4) R因子について、登録者の報告する値と計算値が、特にBUSTERの場合に異なる理由は何でしょうか？
• 7-5) 電子密度マップ係数をMTZフォーマットへ変換する方法を教えてください。
• 7-6) Cootでは電子密度マップ係数をどのように使用すればよいでしょうか？