代表配列

代表配列（Sequence representative）は、 Structure Navigator において 全ての構造組み合わせについてあらかじめ計算した BLAST スコアから作られたものです。 あるしきい値よりも大きい組み合わせ （配列類似度 Sequence identity が 30％ より大きく、かつE値が 0.1 より大きい組み合わせ） については関連づけ（リンク）が設定されます。 その関連づけられた組み合わせはまず、 単一結合クラスタリングを使ってグループ化します。 次に、その集まりを以下の方法を繰り返して分割していきます。

1. 最もリンクの多い構造を選び、その構造にリンクされている構造群の代表とします。
2. 選ばれた代表（代表配列）と、それにリンクされている構造（メンバー）を除去し、メンバーがなくなるまで前項の操作を繰り返します。