RDB Query Builder

標準のクイック検索では、メタデータの一部のみを対象としたフィルタリングが可能ですが、RDB query builderでは、 Mine 2 RDBに含まれるすべてのメタデータを使って、 PDB、chem_comp、BIRD、EMDB各エントリーをより柔軟にフィルタリングすることができます。 なお、より高度な検索を行う場合は、手動のSQLインターフェースが必要となります。

RDB内の各スキーマを検索することができ（どのスキーマを選択するかによって、PDB検索、chem_comp（Chemie）検索、BIRD検索のいずれかが表示されます）、 また、フィルタリングのために、ある程度のスキーマ間リンクもサポートしています。

RDB query builderページの読み込み時には、すでに空のフィルター選択オブジェクトが追加されています。 右側のメニューにある「フィルタの追加(Add filter)」ボタンをクリックすることで、フィルタを追加することができます。 フィルター選択オブジェクトは、「スキーマ(Schema)」「カテゴリ(Category)」「アイテム(Item)」「フィルター(Filter)」の4つのメニューから構成されています。 「スキーマ(Schema)」メニューは、利用可能なすべてのスキーマを一覧表示します（例：PDBデータならpdbj、chem_compならccなど）。 スキーマ(Schema)をクリックすると、そのスキーマ内で利用可能な全てのテーブル（辞書のmmCIFカテゴリーから生成されたもの）が表示されます。 「カテゴリ(Category)」をクリックすると、そのテーブル内の利用可能なすべてのカラム（対応するカテゴリのmmCIFアイテムから生成されたもの）が表示されます。 最後に、「フィルター(Filter)」メニューには、選択された項目のタイプに応じて、利用可能なフィルタが表示されます。 利用可能なフィルターは、text（テキストフィールドの場合）、number（int/floatフィールドの場合、数値の比較（==、>、<、>=、<=演算））、 number-between（int/floatフィールドの場合、特定の範囲内の数値を見つける）、contains number（特定の数値が数値要素のリスト内にあるかどうかをチェック）、 contains text（特定の文字列がテキスト要素のリスト内にあるかどうかをチェック）です。追加(Add)ボタンをクリックすると、フィルターがフィルターリストに追加されます。

フィルタリストのフィルタ部分には、PDBjのCIFエディタと同様のインターフェイスがあります。 このインターフェースを使って、複数のフィルタを組み合わせたり（複雑なAND/OR（サブ）クエリを作成したり）、フィルタを削除したりすることができます。

フィルターを追加して配置した後、右のメニューで検索タイプを選択してください。 タイプ(Type)は、結果をどのように可視化するかを決定します。 一般(General)は手動のSQLインターフェースが結果を表示するのと同じ方法で結果を表示します。 その他のオプションは、PDB、Chemie、BIRDのクイック検索と同様に結果を表示します。 使用できるオプションは、使用する検索クエリによって異なります。 検索タイプを選択した後、「検索(Search)」ボタンをクリックすると結果ページが表示されます。

「RDB文書を表示(Show RDB documentation)」をクリックすると、利用可能なカテゴリ（SQLテーブル）やアイテム（SQLカラム）の詳細情報を確認することができます。 「SQLクエリ検索」をクリックすると、手動でSQLクエリ（テキストベース）を実行することができます。 また、RDB クエリビルダ(RDB query builder)を使用してクエリを部分的に作成し、手動 SQL 検索を使用してさらに修正することで、 非常に強力な SQL インターフェイスでのみ利用できる機能を利用することができます。