PDBMLplus、PDBMLadd、mmjson-plusについて

XMLフォーマットで記述したPDBMLplusのファイル提供は終了しました。今後はPDBj MineのRDB検索またはjsonフォーマットで記述したmmjson-plusをご利用ください。

概要

PDBMLplusは、XML形式のPDBデータフォーマットPDBMLのデータに対し、個々のPDBエントリーに関する情報をPDBjで独自に追加したPDBMLaddの情報を追加したものとして提供していました。XML形式でのファイル提供は終了しましたが、PDBMLaddに相当する内容をjson形式で記したファイルmmjson-plusの提供は引き続き行っています（参考：PDBjウェブサーバの移行に伴いPDBjウェブサービスがリニューアルされます - PDBjニュース 2021/05/23）。またこの情報はPDBjの検索サービスPDBj Mineで使っている関係データベースに取り込んでいるため、この検索でもこの情報を参照することができます。

内容と情報源

PDBMLadd、mmjson-plusには以下のような情報が含まれています。

カテゴリ	要素	情報源等
citation_author_pdbmlplus	auth_validate, citation_id, name, ordinal, pdbid, update_id
citation_pdbmlplus	auth_validate, id, journal_abbrev, journal_volume, page_first, page_last, pdbid, pdbx_database_id_DOI, pdbx_database_id_PubMed, title, update_id, year
exptl_crystal_grow_comp_pdbmlplus	auth_validate, chemical_formula, common_name, conc, conc_unit, crystal_id, details, id, pdbid, sol_id, update_id
exptl_crystal_grow_pdbmlplus	auth_validate, crystal_id, method, pH, pH_range_high, pH_range_low, pdbid, pdbx_details, temp, temp_unit, update_id
exptl_crystal_pdbmlplus	auth_validate, density_Matthews, density_percent_sol, id, pdbid, update_id
gene_ontology_pdbmlplus	auth_asym_id, auth_validate, entry_id, goid, name, namespace, pdbid, source, update_id	UniProt より機械的に抽出した遺伝オントロジー（Gene ontology）の情報。pdbid, auth_asym_id, goid はPDBeが提供するSIFTSから、namespace, nameはGene Ontologyより抽出。
history_pdbmlplus	id, literature, pdbid
link_asym_pdbmlplus	asym_id, entity_id, pdb_strand_id, pdbid
link_entity_pdbmlplus	db_accession, db_name, entity_id, pdbid
link_entry_pdbmlplus	db_accession, db_name, pdbid
refine_ls_restr_pdbmlplus	auth_validate, dev_ideal, dev_ideal_target, pdbid, pdbx_refine_id, type, update_id, weight
refine_ls_shell_pdbmlplus	R_factor_R_free, R_factor_R_work, R_factor_all, R_factor_obs, auth_validate, d_res_high, d_res_low, number_reflns_R_free, number_reflns_work, number_reflns_obs, pdbid, pdbx_refine_id, pdbx_total_number_of_bins_used, percent_reflns_R_free, update_id
refine_pdbmlplus	B_iso_mean, auth_validate, entry_id, Is_R_factor_R_free, Is_R_factor_R_work, Is_R_factor_all Is_R_factor_obs, Is_d_res_high, Is_d_res_low, Is_number_reflns_R_free, Is_number_reflns_all, Is_number_reflns_obs, Is_percent_reflns_R_free, pdbid, pdbx_Is_sigma_F, pdbx_Is_sigma_I, pdbx_refine_id, update_id
reflns_pdbmlplus	B_iso_Wilson_estimate, Rmerge_F_obs, auth_validate, d_resolution_high, d_resolution_low, number_all, number_obs, observed_criterion_sigma_F, observed_criterion_sigma_I, pdbid, pdbx_Rmerge_I_obs, pdbx_number_measured_all, pdbx_ordinal, pdbx_redundancy, percent_possible_obs, update_id
reflns_shell_pdbmlplus	Rmerge_I_obs, auth_validate, d_res_high, d_res_low, meanI_over_sigI_obs, number_measured_obs, number_possible, number_unique_obs, pdbid, pdbx_ordinal, pdbx_redundancy, percent_possible_obs, update_id
software_pdbmlplus	auth_validate, classification, name, pdbid, pdbx_ordinal, update_id, version
struct_ref_pdbmlplus	auth_validate, biological_source, cellular_location, db_name, entity_id, id, pdbid, pdbx_db_accession, update_id	UniProt より機械的に抽出。
struct_ref_seq_pdbmlplus	align_id, auth_validate, db_align_beg, db_aling_end, pdbid, pdbx_auth_seq_align_beg, pdbx_auth_seq_align_end, pdbx_db_accession, pdbx_strand_id, ref_id, seq_align_beg, seq_align_end, update_id
struct_ref_src_pdbmlplus	auth_validate, id, organ_source, pdbid, ref_id, update_id
struct_site_gen_pdbmlplus	auth_asym_id, auth_seq_id, auth_validate, beg_auth_seq_id, beg_label_comp_id, beg_label_seq_id, details, end_auth_seq_id, end_label_comp_id, end_label_seq_id, id, label_asym_id, label_comp_id, label_seq_id, pdbid, site_id, update_id	UniProt/SwissProt、Prosite、Catalytic Site Atlas (CSA)、CATRESより機械的に抽出。
struct_site_pdbmlplus	auth_validate, details, id, info_subtype, info_type, pdbid, pdbx_num_residues, update_id	UniProt/SwissProt、Prosite、Catalytic Site Atlas (CSA) より機械的に抽出。

URL

mmjson-plusファイルのURLは以下の通りです。

https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/data/pdb/mmjson-plus/[PDBID]-plus.json.gz

例：PDBID 100dの場合

https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/data/pdb/mmjson-plus/100d-plus.json.gz