PDBML
PDBML は下記文献で最初に紹介された PDBデータの正式なXML形式のフォーマットの一つで PDBx/mmCIF フォーマットをXML形式に変換したものです。
PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in
XML.
Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM.
Bioinformatics, 2005, 21(7):988-992. PubMed:15509603 full
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データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。
http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v50.xsd
上記スキーマは対話的操作で階層を開閉しながら参照できるXMLビューアを使って見ることもできます。
また各項目(カテゴリ)についての詳細はPDBx/mmCIFの辞書も参照ください。
PDBMLファイルのファイル名は pdbid.xml のようになります(例:1a00.xml、1gof.xml)。これらのファイルは全ての情報を含んでいるため、 all ファイルと読んで他の種類のPDBMLと区別することがあります。他に次の2種類のPDBMLファイルがあります。
- PDBML-noatom この noatom ファイルは、原子座標部分(atom_site category)を除いたものです
- PDBML-extatom この extatom ファイルは、原子座標部分だけを取り出し、PDB formatのATOM行のような形式(完全に同一という訳ではありません)でコンパクトに表現したものです。
作成日: 2019-06-13 (最終更新日: more than 1 year ago)