このページの他言語版もあります: English

PDBML は下記文献で最初に紹介された PDBデータの正式なXML形式のフォーマットです。

PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML.
Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM.
Bioinformatics, 2005, 21(7):988-992. PubMed:15509603 full text

データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。

http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd
http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v42.xsd

PDBMLファイルのファイル名は pdbid.xml のようになります(例:1a00.xml、1gof.xml)。これらのファイルは全ての情報を含んでいるため、 all ファイルと読んで他の種類のPDBMLと区別することがあります。他に次の2種類のPDBMLファイルがあります。

  • PDBML-noatom この noatom ファイルは、原子座標部分(atom_site category)を除いたものです
  • PDBML-extatom この extatom ファイルは、原子座標部分だけを取り出し、PDB formatのATOM行のような形式(完全に同一という訳ではありません)でコンパクトに表現したものです。
2012-07-13 (last edited: 1 month ago)2017-05-12
PDBj@FacebookPDBj@TwitterwwPDBwwPDB FoundationEM DataBank

Copyright © 2013-2017 日本蛋白質構造データバンク