PDBML

PDBML は下記文献で最初に紹介された PDBデータの正式なXML形式のフォーマットの一つで PDBx/mmCIF フォーマットをXML形式に変換したものです。

PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML.
Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM.
Bioinformatics, 2005, 21(7):988-992. PubMed:15509603 full text

データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。

http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v50.xsd

上記スキーマは対話的操作で階層を開閉しながら参照できるXMLビューアを使って見ることもできます。

また各項目（カテゴリ）についての詳細はPDBx/mmCIFの辞書も参照ください。

PDBMLファイルのファイル名は pdbid.xml のようになります（例：1a00.xml、1gof.xml）。これらのファイルは全ての情報を含んでいるため、 all ファイルと読んで他の種類のPDBMLと区別することがあります。他に次の２種類のPDBMLファイルがあります。

• PDBML-noatom この noatom ファイルは、原子座標部分（atom_site category）を除いたものです
• PDBML-extatom この extatom ファイルは、原子座標部分だけを取り出し、PDB formatのATOM行のような形式（完全に同一という訳ではありません）でコンパクトに表現したものです。