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PDBレコードの説明（簡易版）

※一覧の順序は、PDBファイル内のレコード出現順

レコード名称 レコードの説明
HEADER 登録された分子の分類、登録日、PDB ID等
OBSLTE 一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される
TITLE PDBエントリーの表題
SPLIT 一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する
CAVEAT キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される
COMPND エントリー中に含まれる、分子の情報
SOURCE 生体分子の生物学的発生源、宿主の情報
KEYWDS エントリーに関係するキーワード
EXPDTA 実験手法 （X-RAY DIFFRACTION, NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.）
NUMMDL PDBエントリーの合計モデル数（NMR）
MDLTYP 付加的な注釈（NMR手法の”minimized average”、CA ATOMS ONLY等）
AUTHOR PDBエントリーの登録者名（カンマ区切り）
REVDAT 公開された後に行われた修正の履歴
SPRSDE 新しい座標の置き換えにより、公開済エントリーを廃止(obsolete)する場合に使用
JRNL 一次引用文献（その他の参考文献は、REMARK 1に記載される）
REMARK 0 既存のエントリのデータを使用して、再精密化を行った場合に使用する
REMARK 1 一次引用文献以外の参考文献情報
REMARK 2 モデルの構築に使用された最も高い分解能
REMARK 3 精密化に関する情報
REMARK 4 PDBファイルフォーマットのバージョン情報
REMARK 5 構造を廃止する理由（新しい座標で置き換えせずに廃止する場合）
REMARK 100 エントリーが処理された拠点(RCSB, PDBe, PDBj or BNL)、処理日、拠点コード
REMARK 200 実験に関する情報（X線結晶解析等では必須）
REMARK 205 繊維回折法の場合の実験情報
REMARK 210 NMR法の場合の実験情報
REMARK 230 中性子回折法の実験情報
REMARK 240 電子線結晶学法の実験情報
REMARK 245 電子顕微鏡法の実験情報
REMARK 247 電子顕微鏡法の注釈（自動発生）
REMARK 250 その他の実験手法の場合の詳細
REMARK 265 溶液散乱法の場合の実験の詳細
REMARK 280 結晶の情報（Matthews係数、水の割合、結晶条件）
REMARK 285 単位格子の情報
REMARK 290 結晶実験の場合に、空間群に応じた対称操作を記載する（自動発生）
REMARK 300 生物学的に機能する分子(生体分子)についての注釈
REMARK 350 生物学的単位を発生させるために必要な変換操作
REMARK 375 Special position(特殊等価位置)にある原子の情報 （対称操作によって0.15Å以内に位置する。占有率合計は１を超えない）
REMARK 400 高分子の内容に関する詳細情報
REMARK 450 高分子の生物学的起源に関する詳細情報
REMARK 465 Missing residues(*)の一覧
(*)位置を特定できない部位。SEQRESには含まれるが該当する座標がPDBファイルに含まれない。
REMARK 470 Missing atoms(*)の一覧
(*)標準残基を構成する原子のうち、水素以外の原子で位置を特定できない原子。
REMARK 475 占有率ゼロでモデル化された残基一覧
REMARK 480 占有率ゼロでモデル化された原子一覧
REMARK 500 構造の立体化学についての詳細情報
REMARK 525 どのポリペプチド鎖からも5Å以上離れた溶媒原子の一覧
REMARK 600 ヘテロ原子化合物（Heterogen）に関する詳細情報
REMARK 610 Missing atom原子を含む非ポリマー残基
REMARK 615 占有率ゼロでモデル化された原子を含む非ポリマー残基
REMARK 620 金属配位の詳細情報（デフォルトでは、金属配位と周りの残基に対する配位角が記載される）
EMARK 630 インヒビター/ペプチドインヒビターに関する詳細情報
REMARK 650 へリックスに関する注釈
REMARK 700 シートに関する注釈
REMARK 800 SITE情報の詳細
活性部位、基質結合部位等、構造に関係する部位の詳細情報（SITEレコードがある場合は必須）
REMARK 900 関連するエントリーの一覧
REMARK 999 SEQRESレコードの配列に関して特異な点の説明
DBREF PDBの配列と参照データベース(※)の配列との対応を示す ※GenBank(GB), UniProt(UNP) etc.
DBREF1 DBREFの書式が使えない場合に使用される（アクセッション番号や配列番号）
DBREF2 DBREFの書式が使えない場合に使用される（アクセッション番号や配列番号）
SEQADV PDBの配列と参照データベースの配列との差異、差異の理由（ENGINEERED, CONFLICT, DELETION, CHROMOPHORE etc.）
※コメントが長い場合は、”SEE REMARK 999”として、詳細をREMARK 999レコードに記載する
SEQRES ポリマー鎖の配列情報（標準/非標準アミノ酸、核酸配列）
MODRES アミノ酸や核酸残基の修飾に関する情報
HET 非標準残基の情報
HETNAM HETレコードで指定された化合物の化学名
HETSYN HETレコードで指定された化合物に別名がある場合に使用
FORMUL 非標準グループの化学式
HELIX 二次構造のへリックスに関する情報
SHEET 二次構造のシートに関する情報
SSBOND ジスルフィド結合の情報
LINK HETグループ同士や、HETグループとアミノ酸の間の結合を示す
CISPEP CISペプチドの情報
SITE 触媒作用、補助因子、アンチコドン、調節、その他の本質的な場所に関わる残基またはリガンドを取り囲む環境を特定
CRYST1 単位格子、空間群、Z値等
ORIGXn (n = 1, 2, or 3) 直交座標から登録された座標への変換情報
SCALEn (n = 1, 2, or 3) 直交座標から部分結晶座標への変換情報
MTRIXn (n = 1, 2, or 3) 非結晶学的対称操作（ウイルス構造のように、完全な非対称単位の作成に必要な場合にのみ使用される）
MODEL モデルの通し番号（NMR法等、一つのエントリーに複数のモデルが存在する場合）
ATOM アミノ酸や核酸の原子座標
ANISOU 異方性温度因子
TER ポリペプチド鎖の終了
HETATM 標準グループ以外の原子座標
ENDMDL モデルの終了（MODELレコードと対で現れる）
CONECT 座標情報のある原子間の結合に関する情報。
標準残基の結合表で書かれていない、HETグループ等に対して各原子の識別番号を使って表記される。
MASTER ファイルの情報（レコード数の集計等）
END PDBファイルの終了
HEADER
登録された分子の分類、登録日、PDB ID等
列範囲 内容
1 – 6 HEADER
11 – 50 分類（定義済みの一覧から選択される）
51 – 59 登録日（PDBが座標データを受理した日）
63 - 66 PDB ID
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OBSLTE
一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される
列範囲 内容
1 – 6 OBSLTE
9 – 10 継続
22 - 25 廃止されるエントリーのID（このエントリー）
32 - 35 置き換わる新しいID
37 - 40 置き換わる新しいID
…
72 - 75 置き換わる新しいID
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TITLE
PDBエントリーの表題
列範囲 内容
1 – 6 TITLE
9 – 10 継続
11 – 80 PDBエントリーの表題
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SPLIT
一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。 構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する
列範囲 内容
1 – 6 SPLIT
9 – 10 継続
12 – 15 分割されたエントリーのPDB ID
17 – 20 分割されたエントリーのPDB ID
…
77 – 80 分割されたエントリーのPDB ID
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CAVEAT
キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される
列範囲 内容
1 – 6 CAVEAT
9 – 10 継続
12 – 15 このエントリーのPDB ID
20 – 79 CAVEATの理由（自由テキスト形式）
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COMPND
エントリー中に含まれる、分子の情報
列範囲 内容
1 – 6 COMPND
8 – 10 継続
11 – 80 分子の詳細情報(*下記参照)

(*)分子の詳細情報（明細一覧）
MOL_ID 各要素の番号；SOURCEレコードの番号と対応
MOLECULE 高分子の名称
CHAIN 鎖名
FRAGMENT 分子のドメインまたは領域の特定
SYNONYM 分子の別名
EC 分子の酵素番号
ENGINEERED 分子の生成法（組み換え技術/純粋な化学合成）
MUTATION 変異の有無
OTHER_DETAILS 付加的なコメント
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SOURCE
生体分子の生物学的発生源、宿主の情報
列範囲 内容
1 – 6 SOURCE
8 – 10 継続
11 – 79 生体分子の生物学的発生源、宿主の情報("トークン：値"形式)
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KEYWDS
エントリーに関係するキーワード
列範囲 内容
1 – 6 KEYWDS
9 – 10 継続
11 – 79 カンマ区切りのキーワード
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REVDAT
公開された後に行われた修正の履歴
列範囲 内容
1 – 6 REVDAT
8 – 10 変更番号
11 – 12 継続
14 – 22 変更日(新規エントリーの場合は公開日)
24 – 27 PDB ID
32 変更の種類(0: 新規公開、1: 変更)
40 – 45 変更項目
47 – 52 変更項目
54 – 59 変更項目
61 - 66 変更項目
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SPRSDE
新しい座標の置き換えにより、公開済エントリーを廃止(obsolete)する場合に使用
列範囲 内容
1 – 6 SPRSDE
9 – 10 継続
12 – 20 置き換えた日付
22 - 25 このエントリーのID
32 - 35 廃止されるエントリーのID
37 - 40 廃止されるエントリーのID
…
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JRNL
一次引用文献（その他の参考文献は、REMARK 1に記載される）
列範囲 内容
1 – 6 JRNL
13 – 79 一次引用文献の詳細情報：AUTH(著者一覧), TITL(タイトル), EDIT, REF(雑誌情報、投稿状態等),
PUBL(論文以外の文献の場合), REFN(ISSN等), PMID(PubMed番号), DOI
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REMARK 1
一次引用文献以外の参考文献情報：
列範囲 内容
1 – 6 REMARK
10 1
12 – 20 REFERENCE
(22 – 70) 各文献情報の１行目に記載される。参考文献の通し番号（1, 2, 3, ...）
13 – 79 参考文献の詳細情報：AUTH(著者一覧), TITL(タイトル), EDIT, REF(雑誌情報、投稿状態等),
PUBL(論文以外の文献の場合), REFN(ISSN等), PMID(PubMed番号), DOI
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REMARK 2
モデルの構築に使用された最も高い分解能
列範囲 内容
1 – 6 REMARK
10 2
12 – 22 RESOLUTION.
24 – 30 分解能の値
32 – 41 ANGSTROMS.

NMR等、分解能に関係ない実験の場合
列範囲 内容
1 – 6 REMARK
10 2
12 – 38 RESOLUTION. NOT APPLICABLE.
41 – 70 コメント
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REMARK 3
精密化に関する情報
列範囲 内容
1 – 6 REMARK
10 3
12 - 精密化に関する情報(*)

(*)精密化に用いたソフトウェアによって、フォーマットは異なる。

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REMARK 200
実験に関する情報（X線結晶解析等では必須）
列範囲 内容
1 – 6 REMARK
10 200
12 - 実験に関する情報（実験の種類、データ収集日、温度、PH、結晶の数、分解能、etc.）
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REMARK 500
構造の立体化学についての詳細情報
下記のような内容について、詳細情報が記載される（自動生成）。
  • CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT
  • CLOSE CONTACTS
  • 共有結合長（COVALENT BOND LENGTHS）
  • 共有結合角（COVALENT BOND ANGLES）
  • ねじれ角（TORSION ANGLES）
  • NON-CIS & NON-TRANS
  • 平面グループ（PLANAR GROUPS）
  • 主鎖平面性（MAIN CHAIN PLANARITY）
  • キラル中心（CHIRAL CENTERS）
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REMARK 999
SEQRESレコードの配列に関して特異な点の説明
注釈の例
  • タンパク質分解等で正確な配列が未知の場合、配列は座標の配列と一致し、REMARK 999レコードを追加可能
  • キメラタンパク質のリンカー領域等、UNPエントリーと一致しない配列部分についての情報
  • UNPエントリーの配列と一致しない部分
  • 座標の配列が未知の場合(UNK)等
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DBREF
PDBの配列と参照データベース(※)の配列との対応を示す ※GenBank(GB), UniProt(UNP) etc.
列範囲 内容
1 – 6 DBREF
8 – 11 このエントリーのPDB ID
13 鎖名
15 – 18 PDB配列の開始位置の残基番号
19 PDB配列の開始位置の挿入コード
21 - 24 PDB配列の終了位置の残基番号
25 PDB配列の終了位置の挿入コード
27 - 32 参照データベースの名称 (GB, PDB, UNP, NORINE)
34 - 41 参照データベースの登録番号(アクセッション番号)
43 - 54 参照データベースの識別コード
56 - 60 参照データベースの配列開始位置の残基番号
61 参照データベースがPDBの場合、参照配列の開始残基の挿入コード
63 - 67 参照データベースの配列終了位置の残基番号
68 参照データベースがPDBの場合、参照配列の終了残基の挿入コード
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SEQADV
PDBの配列と参照データベースの配列との差異、差異の理由（ENGINEERED, CONFLICT, DELETION, CHROMOPHORE etc.）
列範囲 内容
1 – 6 SEQADV
8 – 11 このエントリーのPDB ID
13 - 15 差異のあるPDBエントリーの残基名
17 PDBの鎖名
19 - 22 PDB配列の残基番号
23 PDB配列の挿入コード
25 - 28 参照データベースの名称
30 - 38 参照データベースの登録番号(アクセッション番号)
40 - 42 参照データベースの残基名
44 - 48 参照データベースの残基番号
50 - 70 不一致に関する注釈(*) 
      (*)注釈例
      - Cloning artifact
      - Expression tag
      - Conflict
      - Engineered
      - Variant  
      - Insertion
      - Deletion
      - Microheterogeneity
      - Chromophore
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SEQRES
ポリマー鎖の配列情報（標準/非標準アミノ酸、核酸配列）
列範囲 内容
1 – 6 SEQRES
8 – 10 SEQRESレコードの通し番号
12 鎖名
14 - 17 鎖内の残基数
20 - 22 残基名
24 - 26 残基名
…
68 - 70 残基名
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MODRES
アミノ酸や核酸残基の修飾に関する情報
列範囲 内容
1 – 6 MODRES
8 – 11 このエントリーのPDB ID
13 - 15 このエントリーで使われている残基名
17 鎖名
19 - 22 残基番号
23 挿入コード
25 - 27 標準残基名
30 - 70 残基の修飾に関する注釈
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HET
非標準残基の情報
列範囲 内容
1 – 6 HET
8 – 10 HETグループの識別コード
13 鎖名
14 - 17 番号
18 挿入コード
21 - 25 各HETグループ内のHETATMレコードの数
31 - 70 HETグループに関する注釈
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HETNAM
HETレコードで指定された化合物の化学名
列範囲 内容
1 – 6 HETNAM
9 – 10 継続
12 - 14 HETグループの識別コード
16 - 70 化学名
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HETSYN
HETレコードで指定された化合物に別名がある場合に使用
列範囲 内容
1 – 6 HETSYN
9 – 10 継続
12 - 14 HETグループの識別コード
16 - 70 別名の一覧
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FORMUL
非標準グループの化学式
列範囲 内容
1 – 6 FORMUL
9 – 10 要素番号(複数ある場合は最初の番号)
13 - 15 HETグループの識別コード
17 - 18 継続番号
19 * (水の場合)
20 - 70 化学式
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HELIX
二次構造のへリックスに関する情報
列範囲 内容
1 – 6 HELIX
8 – 10 へリックスの通し番号(1,2,3…)
12 - 14 へリックスの識別コード（英数字）
16 - 18 開始位置の残基名
20 へリックス開始位置の残基の鎖名
22 - 25 開始位置の残基番号
26 開始残基の挿入コード
28 - 30 へリックス終了位置の残基名
32 へリックス終了位置の残基の鎖名
34 - 37 終了位置の残基番号
38 終了残基の挿入コード
39 - 40 へリックス分類（*下記参照）
41 - 70 コメント
72 - 76 へリックスの長さ
(*)分類
右巻きα(デフォルト)1
右巻きω2
右巻きπ3
右巻きγ4
右巻き3105
左巻きα6
左巻きω7
左巻きγ8
2 - 7リボン/へリックス9
ポリプロリン10
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SHEET
二次構造のシートに関する情報
列範囲 内容
1 – 6 SHEET
8 – 10 シートのストランド通し番号(1,2,3…)
12 - 14 シートの識別子
15 - 16 シート内のストランドの数
18 - 20 ストランド開始位置の残基名
22 ストランド開始位置の残基の鎖名
23 - 26 ストランド開始位置の残基番号
27 ストランド開始位置の残基の挿入コード
29 - 31 終了位置の残基名
33 終了位置の残基の鎖名
34 - 37 終了位置の残基番号
38 終了位置の残基の挿入コード
39 - 40 シート内の１つ前のストランドに対する方向（0: 最初のストランド、1: 平行、-1: 反平行）
42 - 45 Registration. このストランド内の原子名
46 - 48 Registration. このストランド内の残基名
50 Registration. このストランド内の鎖名
51 - 54 Registration. このストランド内の残基番号
55 Registration. このストランド内の挿入コード
57 - 60 Registration. 前のストランド内の原子名
61 - 63 Registration. 前のストランド内の残基名
65 Registration. 前のストランド内の鎖名
66 - 69 Registration. 前のストランド内の残基番号
70 Registration. 前のストランド内の挿入コード
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SSBOND
ジスルフィド結合の情報
列範囲 内容
1 – 6 SSBOND
8 – 10 通し番号
12 - 14 残基名(CYS)
16 鎖名
18 - 21 残基番号
22 挿入コード
26 - 28 残基名(CYS)
30 鎖名
32 - 35 残基番号
36 挿入コード
60 - 65 残基１の対称操作
67 - 72 残基２の対称操作
74 - 78 ジスルフィド結合距離
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CISPEP
CISペプチドの情報
列範囲 内容
1 – 6 CISPEP
8 – 10 レコードの通し番号
12 - 14 残基名
16 鎖名
18 - 21 残基番号
22 挿入コード
26 - 28 2の残基名
30 2の鎖名
32 - 35 2の残基番号
36 2の挿入コード
44 - 46 特別なモデルの識別子
54 - 59 角度（度）
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SITE
触媒作用、補助因子、アンチコドン、調節、その他の本質的な場所に関わる残基またはリガンドを取り囲む環境を特定
列範囲 内容
1 – 6 SITE
8 – 10 通し番号
12 - 14 サイト名
16 - 17 サイトを構成する残基数
19 - 21 サイトを作る最初の残基の名称
23 サイトの最初の残基の鎖名
24 - 27 サイトの最初の残基の残基番号
28 サイトの最初の残基の挿入コード
30 - 32 サイトを作る２番目の残基の名称
34 サイトの２番目の残基の鎖名
35 - 38 サイトの２番目の残基の残基番号
39 サイトの２番目の残基の挿入コード
41 - 43 サイトを作る３番目の残基の名称
45 サイトの３番目の残基の鎖名
46 - 49 サイトの３番目の残基の残基番号
50 サイトの３番目の残基の挿入コード
52 - 54 サイトを作る４番目の残基の名称
56 サイトの４番目の残基の鎖名
57 - 60 サイトの４番目の残基の残基番号
61 サイトの４番目の残基の挿入コード
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CRYST1
単位格子、空間群、Z値等
列範囲 内容
1 – 6 CRYST1
7 – 15 格子定数a (Å)
16 - 24 格子定数b (Å)
25 - 33 格子定数c (Å)
34 - 40 格子定数a (度)
41 - 47 格子定数b (度)
48 - 54 格子定数c (度)
56 - 66 空間群
67 - 70 Z 値
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ORIGXn
直交座標から登録された座標への変換情報
列範囲 内容
1 – 6 ORIGXn (*) n = 1, 2, or 3
11 – 20 o[n][1]
21 - 30 o[n][2]
31 - 40 o[n][3]
46 - 55 t[n]
  • デフォルトの直交オングストローム座標系の定義についてはSCALEレコードの説明を参照
  • 登録された座標がXsub, Ysub, Zsubで直交オングストローム座標系がX, Y, Zの場合、
  Xsub = O11X +  O12Y + O13Z + T1
  Ysub = O21X +  O22Y + O23Z + T2
  Zsub = O31X +  O32Y + O33Z + T3
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SCALEn
直交座標から部分結晶座標への変換情報
列範囲 内容
1 – 6 SCALEn (*) n = 1, 2, or 3
11 – 20 s[n][1]
21 - 30 s[n][2]
31 - 40 s[n][3]
46 - 55 u[n]
  • 標準直交オングストローム座標系とCRYST1レコードに記載された単位格子座標系との関係
    xfrac = S11X +  S12Y + S13Z + U1
    yfrac = S21X +  S22Y + S23Z + U2
    zfrac = S31X +  S32Y + S33Z + U3
    
    (*) X,Y,Zは直交オングストローム座標、xfrac, yfrac, zfracは部分的単位格子座標
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MTRIXn
非結晶学的対称操作（ウイルス構造のように、完全な非対称単位の作成に必要な場合にのみ使用される）
列範囲 内容
1 – 6 MTRIXn (*) n = 1, 2, or 3
8 – 10 通し番号
11 – 20 m[n][1]
21 - 30 m[n][2]
31 - 40 m[n][3]
46 - 55 v[n]
60 iGiven (1またはブランク)
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ATOM
アミノ酸や核酸の原子座標
列範囲 内容
1 – 6 ATOM
7 – 11 原子の通し番号
13 – 16 原子名
17 Alternate location識別子
18 - 20 残基名
22 鎖名
23 - 26 残基番号
27 残基の挿入コード
31 - 38 原子のX座標の値（Å単位）
39 - 46 原子のY座標の値（Å単位）
47 - 54 原子のZ座標の値（Å単位）
55 - 60 占有率
61 - 66 温度因子
77 - 78 元素記号
79 - 80 原子の電荷
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ANISOU
異方性温度因子
列範囲 内容
1 – 6 ANISOU
7 – 11 原子の通し番号
13 – 16 原子名
17 Alternate location識別子
18 - 20 残基名
22 鎖名
23 - 26 残基番号
27 残基の挿入コード
29 - 35 U(1,1)
36 - 42 U(2,2)
43 - 49 U(3,3)
50 - 56 U(1,2)
57 - 63 U(1,3)
64 - 70 U(2,3)
77 - 78 元素記号
79 - 80 原子の電荷
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TER
ポリペプチド鎖の終了
列範囲 内容
1 – 6 TER
7 – 11 通し番号
18 – 20 残基名
22 鎖名
23 - 26 残基番号
27 挿入コード
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HETATM
標準グループ以外の原子座標
列範囲 内容
1 – 6 HETATM
7 – 11 原子の通し番号
13 – 16 原子名
17 Alternate location識別子
18 - 20 残基名
22 鎖名
23 - 26 残基番号
27 残基の挿入コード
31 - 38 原子のX座標の値（Å単位）
39 - 46 原子のY座標の値（Å単位）
47 - 54 原子のZ座標の値（Å単位）
55 - 60 占有率
61 - 66 温度因子
77 - 78 元素記号
79 - 80 原子の電荷
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CONECT
座標情報のある原子間の結合に関する情報。
標準残基の結合表で書かれていない、HETグループ等に対して各原子の識別番号を使って表記される。
列範囲 内容
1 – 6 CONECT
7 – 11 原子の通し番号
12 – 16 結合原子の通し番号
17 - 21 結合原子の通し番号
22 - 26 結合原子の通し番号
27 - 31 結合原子の通し番号
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MASTER
ファイルの情報（レコード数の集計等）
列範囲 内容
1 – 6 MASTER
11 – 15 REMARKレコードの数
16 - 20 0
21 - 25 HETレコードの数
26 - 30 HELIXレコードの数
31 - 35 SHEETレコードの数
36 - 40 廃止
41 - 45 SITEレコードの数
46 - 50 座標変換レコードの数 (ORIGX+SCALE+MTRIX)
51 - 55 座標レコードの数 (ATOM+HETATM)
56 - 60 TERレコードの数
61 - 65 CONECTレコードの数
66 - 70 SEQRESレコードの数
作成日: 2019-02-05 (最終更新日: more than 1 year ago)2019-02-05

218853

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