PDBレコードの説明(簡易版)
※一覧の順序は、PDBファイル内のレコード出現順
レコード名称 | レコードの説明 |
---|---|
HEADER | 登録された分子の分類、登録日、PDB ID等 |
OBSLTE | 一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される |
TITLE | PDBエントリーの表題 |
SPLIT | 一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する |
CAVEAT | キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される |
COMPND | エントリー中に含まれる、分子の情報 |
SOURCE | 生体分子の生物学的発生源、宿主の情報 |
KEYWDS | エントリーに関係するキーワード |
EXPDTA | 実験手法 (X-RAY DIFFRACTION, NEUTRON DIFFRACTION, SOLUTION NMR, ELECTRON MICROSCOPY etc.) |
NUMMDL | PDBエントリーの合計モデル数(NMR) |
MDLTYP | 付加的な注釈(NMR手法の”minimized average”、CA ATOMS ONLY等) |
AUTHOR | PDBエントリーの登録者名(カンマ区切り) |
REVDAT | 公開された後に行われた修正の履歴 |
SPRSDE | 新しい座標の置き換えにより、公開済エントリーを廃止(obsolete)する場合に使用 |
JRNL | 一次引用文献(その他の参考文献は、REMARK 1に記載される) |
REMARK 0 | 既存のエントリのデータを使用して、再精密化を行った場合に使用する |
REMARK 1 | 一次引用文献以外の参考文献情報 |
REMARK 2 | モデルの構築に使用された最も高い分解能 |
REMARK 3 | 精密化に関する情報 |
REMARK 4 | PDBファイルフォーマットのバージョン情報 |
REMARK 5 | 構造を廃止する理由(新しい座標で置き換えせずに廃止する場合) |
REMARK 100 | エントリーが処理された拠点(RCSB, PDBe, PDBj or BNL)、処理日、拠点コード |
REMARK 200 | 実験に関する情報(X線結晶解析等では必須) |
REMARK 205 | 繊維回折法の場合の実験情報 |
REMARK 210 | NMR法の場合の実験情報 |
REMARK 230 | 中性子回折法の実験情報 |
REMARK 240 | 電子線結晶学法の実験情報 |
REMARK 245 | 電子顕微鏡法の実験情報 |
REMARK 247 | 電子顕微鏡法の注釈(自動発生) |
REMARK 250 | その他の実験手法の場合の詳細 |
REMARK 265 | 溶液散乱法の場合の実験の詳細 |
REMARK 280 | 結晶の情報(Matthews係数、水の割合、結晶条件) |
REMARK 285 | 単位格子の情報 |
REMARK 290 | 結晶実験の場合に、空間群に応じた対称操作を記載する(自動発生) |
REMARK 300 | 生物学的に機能する分子(生体分子)についての注釈 |
REMARK 350 | 生物学的単位を発生させるために必要な変換操作 |
REMARK 375 | Special position(特殊等価位置)にある原子の情報 (対称操作によって0.15Å以内に位置する。占有率合計は1を超えない) |
REMARK 400 | 高分子の内容に関する詳細情報 |
REMARK 450 | 高分子の生物学的起源に関する詳細情報 |
REMARK 465 | Missing residues(*)の一覧 (*)位置を特定できない部位。SEQRESには含まれるが該当する座標がPDBファイルに含まれない。 |
REMARK 470 | Missing atoms(*)の一覧 (*)標準残基を構成する原子のうち、水素以外の原子で位置を特定できない原子。 |
REMARK 475 | 占有率ゼロでモデル化された残基一覧 |
REMARK 480 | 占有率ゼロでモデル化された原子一覧 |
REMARK 500 | 構造の立体化学についての詳細情報 |
REMARK 525 | どのポリペプチド鎖からも5Å以上離れた溶媒原子の一覧 |
REMARK 600 | ヘテロ原子化合物(Heterogen)に関する詳細情報 |
REMARK 610 | Missing atom原子を含む非ポリマー残基 |
REMARK 615 | 占有率ゼロでモデル化された原子を含む非ポリマー残基 |
REMARK 620 | 金属配位の詳細情報(デフォルトでは、金属配位と周りの残基に対する配位角が記載される) |
EMARK 630 | インヒビター/ペプチドインヒビターに関する詳細情報 |
REMARK 650 | へリックスに関する注釈 |
REMARK 700 | シートに関する注釈 |
REMARK 800 | SITE情報の詳細 活性部位、基質結合部位等、構造に関係する部位の詳細情報(SITEレコードがある場合は必須) |
REMARK 900 | 関連するエントリーの一覧 |
REMARK 999 | SEQRESレコードの配列に関して特異な点の説明 |
DBREF | PDBの配列と参照データベース(※)の配列との対応を示す ※GenBank(GB), UniProt(UNP) etc. |
DBREF1 | DBREFの書式が使えない場合に使用される(アクセッション番号や配列番号) |
DBREF2 | DBREFの書式が使えない場合に使用される(アクセッション番号や配列番号) |
SEQADV |
PDBの配列と参照データベースの配列との差異、差異の理由(ENGINEERED, CONFLICT, DELETION, CHROMOPHORE etc.) ※コメントが長い場合は、”SEE REMARK 999”として、詳細をREMARK 999レコードに記載する |
SEQRES | ポリマー鎖の配列情報(標準/非標準アミノ酸、核酸配列) |
MODRES | アミノ酸や核酸残基の修飾に関する情報 |
HET | 非標準残基の情報 |
HETNAM | HETレコードで指定された化合物の化学名 |
HETSYN | HETレコードで指定された化合物に別名がある場合に使用 |
FORMUL | 非標準グループの化学式 |
HELIX | 二次構造のへリックスに関する情報 |
SHEET | 二次構造のシートに関する情報 |
SSBOND | ジスルフィド結合の情報 |
LINK | HETグループ同士や、HETグループとアミノ酸の間の結合を示す |
CISPEP | CISペプチドの情報 |
SITE | 触媒作用、補助因子、アンチコドン、調節、その他の本質的な場所に関わる残基またはリガンドを取り囲む環境を特定 |
CRYST1 | 単位格子、空間群、Z値等 |
ORIGXn (n = 1, 2, or 3) | 直交座標から登録された座標への変換情報 |
SCALEn (n = 1, 2, or 3) | 直交座標から部分結晶座標への変換情報 |
MTRIXn (n = 1, 2, or 3) | 非結晶学的対称操作(ウイルス構造のように、完全な非対称単位の作成に必要な場合にのみ使用される) |
MODEL | モデルの通し番号(NMR法等、一つのエントリーに複数のモデルが存在する場合) |
ATOM | アミノ酸や核酸の原子座標 |
ANISOU | 異方性温度因子 |
TER | ポリペプチド鎖の終了 |
HETATM | 標準グループ以外の原子座標 |
ENDMDL | モデルの終了(MODELレコードと対で現れる) |
CONECT |
座標情報のある原子間の結合に関する情報。 標準残基の結合表で書かれていない、HETグループ等に対して各原子の識別番号を使って表記される。 |
MASTER | ファイルの情報(レコード数の集計等) |
END | PDBファイルの終了 |
- HEADER
- 登録された分子の分類、登録日、PDB ID等
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HEADER |
11 – 50 | 分類(定義済みの一覧から選択される) |
51 – 59 | 登録日(PDBが座標データを受理した日) |
63 - 66 | PDB ID |
- OBSLTE
- 一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | OBSLTE |
9 – 10 | 継続 |
22 - 25 | 廃止されるエントリーのID(このエントリー) |
32 - 35 | 置き換わる新しいID |
37 - 40 | 置き換わる新しいID |
… | |
72 - 75 | 置き換わる新しいID |
- SPLIT
- 一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。 構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SPLIT |
9 – 10 | 継続 |
12 – 15 | 分割されたエントリーのPDB ID |
17 – 20 | 分割されたエントリーのPDB ID |
… | |
77 – 80 | 分割されたエントリーのPDB ID |
- CAVEAT
- キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | CAVEAT |
9 – 10 | 継続 |
12 – 15 | このエントリーのPDB ID |
20 – 79 | CAVEATの理由(自由テキスト形式) |
- COMPND
- エントリー中に含まれる、分子の情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | COMPND |
8 – 10 | 継続 |
11 – 80 | 分子の詳細情報(*下記参照) |
(*)分子の詳細情報(明細一覧)
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MOL_ID | 各要素の番号;SOURCEレコードの番号と対応 |
MOLECULE | 高分子の名称 |
CHAIN | 鎖名 |
FRAGMENT | 分子のドメインまたは領域の特定 |
SYNONYM | 分子の別名 |
EC | 分子の酵素番号 |
ENGINEERED | 分子の生成法(組み換え技術/純粋な化学合成) |
MUTATION | 変異の有無 |
OTHER_DETAILS | 付加的なコメント |
- SOURCE
- 生体分子の生物学的発生源、宿主の情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SOURCE |
8 – 10 | 継続 |
11 – 79 | 生体分子の生物学的発生源、宿主の情報("トークン:値"形式) |
- REVDAT
- 公開された後に行われた修正の履歴
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REVDAT |
8 – 10 | 変更番号 |
11 – 12 | 継続 |
14 – 22 | 変更日(新規エントリーの場合は公開日) |
24 – 27 | PDB ID |
32 | 変更の種類(0: 新規公開、1: 変更) |
40 – 45 | 変更項目 |
47 – 52 | 変更項目 |
54 – 59 | 変更項目 |
61 - 66 | 変更項目 |
- SPRSDE
- 新しい座標の置き換えにより、公開済エントリーを廃止(obsolete)する場合に使用
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SPRSDE |
9 – 10 | 継続 |
12 – 20 | 置き換えた日付 |
22 - 25 | このエントリーのID |
32 - 35 | 廃止されるエントリーのID |
37 - 40 | 廃止されるエントリーのID |
… |
- JRNL
- 一次引用文献(その他の参考文献は、REMARK 1に記載される)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | JRNL |
13 – 79 | 一次引用文献の詳細情報:AUTH(著者一覧), TITL(タイトル), EDIT, REF(雑誌情報、投稿状態等), PUBL(論文以外の文献の場合), REFN(ISSN等), PMID(PubMed番号), DOI |
- REMARK 1
- 一次引用文献以外の参考文献情報:
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REMARK |
10 | 1 |
12 – 20 | REFERENCE |
(22 – 70) | 各文献情報の1行目に記載される。参考文献の通し番号(1, 2, 3, ...) |
13 – 79 | 参考文献の詳細情報:AUTH(著者一覧), TITL(タイトル), EDIT, REF(雑誌情報、投稿状態等), PUBL(論文以外の文献の場合), REFN(ISSN等), PMID(PubMed番号), DOI |
- REMARK 2
- モデルの構築に使用された最も高い分解能
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REMARK |
10 | 2 |
12 – 22 | RESOLUTION. |
24 – 30 | 分解能の値 |
32 – 41 | ANGSTROMS. |
NMR等、分解能に関係ない実験の場合
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REMARK |
10 | 2 |
12 – 38 | RESOLUTION. NOT APPLICABLE. |
41 – 70 | コメント |
- REMARK 3
- 精密化に関する情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REMARK |
10 | 3 |
12 - | 精密化に関する情報(*) |
(*)精密化に用いたソフトウェアによって、フォーマットは異なる。
[トップに戻る]- REMARK 200
- 実験に関する情報(X線結晶解析等では必須)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | REMARK |
10 | 200 |
12 - | 実験に関する情報(実験の種類、データ収集日、温度、PH、結晶の数、分解能、etc.) |
- REMARK 500
- 構造の立体化学についての詳細情報
- CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT
- CLOSE CONTACTS
- 共有結合長(COVALENT BOND LENGTHS)
- 共有結合角(COVALENT BOND ANGLES)
- ねじれ角(TORSION ANGLES)
- NON-CIS & NON-TRANS
- 平面グループ(PLANAR GROUPS)
- 主鎖平面性(MAIN CHAIN PLANARITY)
- キラル中心(CHIRAL CENTERS)
- REMARK 999
- SEQRESレコードの配列に関して特異な点の説明
- タンパク質分解等で正確な配列が未知の場合、配列は座標の配列と一致し、REMARK 999レコードを追加可能
- キメラタンパク質のリンカー領域等、UNPエントリーと一致しない配列部分についての情報
- UNPエントリーの配列と一致しない部分
- 座標の配列が未知の場合(UNK)等
- DBREF
- PDBの配列と参照データベース(※)の配列との対応を示す ※GenBank(GB), UniProt(UNP) etc.
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | DBREF |
8 – 11 | このエントリーのPDB ID |
13 | 鎖名 |
15 – 18 | PDB配列の開始位置の残基番号 |
19 | PDB配列の開始位置の挿入コード |
21 - 24 | PDB配列の終了位置の残基番号 |
25 | PDB配列の終了位置の挿入コード |
27 - 32 | 参照データベースの名称 (GB, PDB, UNP, NORINE) |
34 - 41 | 参照データベースの登録番号(アクセッション番号) |
43 - 54 | 参照データベースの識別コード |
56 - 60 | 参照データベースの配列開始位置の残基番号 |
61 | 参照データベースがPDBの場合、参照配列の開始残基の挿入コード |
63 - 67 | 参照データベースの配列終了位置の残基番号 |
68 | 参照データベースがPDBの場合、参照配列の終了残基の挿入コード |
- SEQADV
- PDBの配列と参照データベースの配列との差異、差異の理由(ENGINEERED, CONFLICT, DELETION, CHROMOPHORE etc.)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SEQADV |
8 – 11 | このエントリーのPDB ID |
13 - 15 | 差異のあるPDBエントリーの残基名 |
17 | PDBの鎖名 |
19 - 22 | PDB配列の残基番号 |
23 | PDB配列の挿入コード |
25 - 28 | 参照データベースの名称 |
30 - 38 | 参照データベースの登録番号(アクセッション番号) |
40 - 42 | 参照データベースの残基名 |
44 - 48 | 参照データベースの残基番号 |
50 - 70 | 不一致に関する注釈(*) |
(*)注釈例 - Cloning artifact - Expression tag - Conflict - Engineered - Variant - Insertion - Deletion - Microheterogeneity - Chromophore[トップに戻る]
- SEQRES
- ポリマー鎖の配列情報(標準/非標準アミノ酸、核酸配列)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SEQRES |
8 – 10 | SEQRESレコードの通し番号 |
12 | 鎖名 |
14 - 17 | 鎖内の残基数 |
20 - 22 | 残基名 |
24 - 26 | 残基名 |
… | |
68 - 70 | 残基名 |
- MODRES
- アミノ酸や核酸残基の修飾に関する情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | MODRES |
8 – 11 | このエントリーのPDB ID |
13 - 15 | このエントリーで使われている残基名 |
17 | 鎖名 |
19 - 22 | 残基番号 |
23 | 挿入コード |
25 - 27 | 標準残基名 |
30 - 70 | 残基の修飾に関する注釈 |
- HET
- 非標準残基の情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HET |
8 – 10 | HETグループの識別コード |
13 | 鎖名 |
14 - 17 | 番号 |
18 | 挿入コード |
21 - 25 | 各HETグループ内のHETATMレコードの数 |
31 - 70 | HETグループに関する注釈 |
- HETNAM
- HETレコードで指定された化合物の化学名
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HETNAM |
9 – 10 | 継続 |
12 - 14 | HETグループの識別コード |
16 - 70 | 化学名 |
- HETSYN
- HETレコードで指定された化合物に別名がある場合に使用
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HETSYN |
9 – 10 | 継続 |
12 - 14 | HETグループの識別コード |
16 - 70 | 別名の一覧 |
- FORMUL
- 非標準グループの化学式
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | FORMUL |
9 – 10 | 要素番号(複数ある場合は最初の番号) |
13 - 15 | HETグループの識別コード |
17 - 18 | 継続番号 |
19 | * (水の場合) |
20 - 70 | 化学式 |
- HELIX
- 二次構造のへリックスに関する情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HELIX |
8 – 10 | へリックスの通し番号(1,2,3…) |
12 - 14 | へリックスの識別コード(英数字) |
16 - 18 | 開始位置の残基名 |
20 | へリックス開始位置の残基の鎖名 |
22 - 25 | 開始位置の残基番号 |
26 | 開始残基の挿入コード |
28 - 30 | へリックス終了位置の残基名 |
32 | へリックス終了位置の残基の鎖名 |
34 - 37 | 終了位置の残基番号 |
38 | 終了残基の挿入コード |
39 - 40 | へリックス分類(*下記参照) |
41 - 70 | コメント |
72 - 76 | へリックスの長さ |
(*)分類
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右巻きα(デフォルト) | 1 |
右巻きω | 2 |
右巻きπ | 3 |
右巻きγ | 4 |
右巻き310 | 5 |
左巻きα | 6 |
左巻きω | 7 |
左巻きγ | 8 |
2 - 7リボン/へリックス | 9 |
ポリプロリン | 10 |
- SHEET
- 二次構造のシートに関する情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SHEET |
8 – 10 | シートのストランド通し番号(1,2,3…) |
12 - 14 | シートの識別子 |
15 - 16 | シート内のストランドの数 |
18 - 20 | ストランド開始位置の残基名 |
22 | ストランド開始位置の残基の鎖名 |
23 - 26 | ストランド開始位置の残基番号 |
27 | ストランド開始位置の残基の挿入コード |
29 - 31 | 終了位置の残基名 |
33 | 終了位置の残基の鎖名 |
34 - 37 | 終了位置の残基番号 |
38 | 終了位置の残基の挿入コード |
39 - 40 | シート内の1つ前のストランドに対する方向(0: 最初のストランド、1: 平行、-1: 反平行) |
42 - 45 | Registration. このストランド内の原子名 |
46 - 48 | Registration. このストランド内の残基名 |
50 | Registration. このストランド内の鎖名 |
51 - 54 | Registration. このストランド内の残基番号 |
55 | Registration. このストランド内の挿入コード |
57 - 60 | Registration. 前のストランド内の原子名 |
61 - 63 | Registration. 前のストランド内の残基名 |
65 | Registration. 前のストランド内の鎖名 |
66 - 69 | Registration. 前のストランド内の残基番号 |
70 | Registration. 前のストランド内の挿入コード |
- SSBOND
- ジスルフィド結合の情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SSBOND |
8 – 10 | 通し番号 |
12 - 14 | 残基名(CYS) |
16 | 鎖名 |
18 - 21 | 残基番号 |
22 | 挿入コード |
26 - 28 | 残基名(CYS) |
30 | 鎖名 |
32 - 35 | 残基番号 |
36 | 挿入コード |
60 - 65 | 残基1の対称操作 |
67 - 72 | 残基2の対称操作 |
74 - 78 | ジスルフィド結合距離 |
- LINK
- HETグループ同士や、HETグループとアミノ酸の間の結合を示す
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | LINK |
13 – 16 | 原子1の原子名 |
17 | 原子1のAlternate location識別子 |
18 - 20 | 原子1の残基名 |
22 | 原子1の鎖名 |
23 - 26 | 原子1の残基番号 |
27 | 原子1の挿入コード |
43 - 46 | 原子2の原子名 |
47 | 原子2のAlternate location識別子 |
48 - 50 | 原子2の残基名 |
52 | 原子2の鎖名 |
53 - 56 | 原子2の残基番号 |
57 | 原子2の挿入コード |
60 - 65 | 原子1の対称操作 |
67 - 72 | 原子2の対称操作 |
74 - 78 | 結合距離 |
- CISPEP
- CISペプチドの情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | CISPEP |
8 – 10 | レコードの通し番号 |
12 - 14 | 残基名 |
16 | 鎖名 |
18 - 21 | 残基番号 |
22 | 挿入コード |
26 - 28 | 2の残基名 |
30 | 2の鎖名 |
32 - 35 | 2の残基番号 |
36 | 2の挿入コード |
44 - 46 | 特別なモデルの識別子 |
54 - 59 | 角度(度) |
- SITE
- 触媒作用、補助因子、アンチコドン、調節、その他の本質的な場所に関わる残基またはリガンドを取り囲む環境を特定
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SITE |
8 – 10 | 通し番号 |
12 - 14 | サイト名 |
16 - 17 | サイトを構成する残基数 |
19 - 21 | サイトを作る最初の残基の名称 |
23 | サイトの最初の残基の鎖名 |
24 - 27 | サイトの最初の残基の残基番号 |
28 | サイトの最初の残基の挿入コード |
30 - 32 | サイトを作る2番目の残基の名称 |
34 | サイトの2番目の残基の鎖名 |
35 - 38 | サイトの2番目の残基の残基番号 |
39 | サイトの2番目の残基の挿入コード |
41 - 43 | サイトを作る3番目の残基の名称 |
45 | サイトの3番目の残基の鎖名 |
46 - 49 | サイトの3番目の残基の残基番号 |
50 | サイトの3番目の残基の挿入コード |
52 - 54 | サイトを作る4番目の残基の名称 |
56 | サイトの4番目の残基の鎖名 |
57 - 60 | サイトの4番目の残基の残基番号 |
61 | サイトの4番目の残基の挿入コード |
- CRYST1
- 単位格子、空間群、Z値等
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | CRYST1 |
7 – 15 | 格子定数a (Å) |
16 - 24 | 格子定数b (Å) |
25 - 33 | 格子定数c (Å) |
34 - 40 | 格子定数a (度) |
41 - 47 | 格子定数b (度) |
48 - 54 | 格子定数c (度) |
56 - 66 | 空間群 |
67 - 70 | Z 値 |
- ORIGXn
- 直交座標から登録された座標への変換情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | ORIGXn (*) n = 1, 2, or 3 |
11 – 20 | o[n][1] |
21 - 30 | o[n][2] |
31 - 40 | o[n][3] |
46 - 55 | t[n] |
- デフォルトの直交オングストローム座標系の定義についてはSCALEレコードの説明を参照
- 登録された座標がXsub, Ysub, Zsubで直交オングストローム座標系がX, Y, Zの場合、
Xsub = O11X + O12Y + O13Z + T1 Ysub = O21X + O22Y + O23Z + T2 Zsub = O31X + O32Y + O33Z + T3[トップに戻る]
- SCALEn
- 直交座標から部分結晶座標への変換情報
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | SCALEn (*) n = 1, 2, or 3 |
11 – 20 | s[n][1] |
21 - 30 | s[n][2] |
31 - 40 | s[n][3] |
46 - 55 | u[n] |
- 標準直交オングストローム座標系とCRYST1レコードに記載された単位格子座標系との関係
xfrac = S11X + S12Y + S13Z + U1 yfrac = S21X + S22Y + S23Z + U2 zfrac = S31X + S32Y + S33Z + U3 (*) X,Y,Zは直交オングストローム座標、xfrac, yfrac, zfracは部分的単位格子座標[トップに戻る]
- MTRIXn
- 非結晶学的対称操作(ウイルス構造のように、完全な非対称単位の作成に必要な場合にのみ使用される)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | MTRIXn (*) n = 1, 2, or 3 |
8 – 10 | 通し番号 |
11 – 20 | m[n][1] |
21 - 30 | m[n][2] |
31 - 40 | m[n][3] |
46 - 55 | v[n] |
60 | iGiven (1またはブランク) |
- ATOM
- アミノ酸や核酸の原子座標
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | ATOM |
7 – 11 | 原子の通し番号 |
13 – 16 | 原子名 |
17 | Alternate location識別子 |
18 - 20 | 残基名 |
22 | 鎖名 |
23 - 26 | 残基番号 |
27 | 残基の挿入コード |
31 - 38 | 原子のX座標の値(Å単位) |
39 - 46 | 原子のY座標の値(Å単位) |
47 - 54 | 原子のZ座標の値(Å単位) |
55 - 60 | 占有率 |
61 - 66 | 温度因子 |
77 - 78 | 元素記号 |
79 - 80 | 原子の電荷 |
- ANISOU
- 異方性温度因子
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | ANISOU |
7 – 11 | 原子の通し番号 |
13 – 16 | 原子名 |
17 | Alternate location識別子 |
18 - 20 | 残基名 |
22 | 鎖名 |
23 - 26 | 残基番号 |
27 | 残基の挿入コード |
29 - 35 | U(1,1) |
36 - 42 | U(2,2) |
43 - 49 | U(3,3) |
50 - 56 | U(1,2) |
57 - 63 | U(1,3) |
64 - 70 | U(2,3) |
77 - 78 | 元素記号 |
79 - 80 | 原子の電荷 |
- HETATM
- 標準グループ以外の原子座標
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | HETATM |
7 – 11 | 原子の通し番号 |
13 – 16 | 原子名 |
17 | Alternate location識別子 |
18 - 20 | 残基名 |
22 | 鎖名 |
23 - 26 | 残基番号 |
27 | 残基の挿入コード |
31 - 38 | 原子のX座標の値(Å単位) |
39 - 46 | 原子のY座標の値(Å単位) |
47 - 54 | 原子のZ座標の値(Å単位) |
55 - 60 | 占有率 |
61 - 66 | 温度因子 |
77 - 78 | 元素記号 |
79 - 80 | 原子の電荷 |
- CONECT
-
座標情報のある原子間の結合に関する情報。
標準残基の結合表で書かれていない、HETグループ等に対して各原子の識別番号を使って表記される。
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | CONECT |
7 – 11 | 原子の通し番号 |
12 – 16 | 結合原子の通し番号 |
17 - 21 | 結合原子の通し番号 |
22 - 26 | 結合原子の通し番号 |
27 - 31 | 結合原子の通し番号 |
- MASTER
- ファイルの情報(レコード数の集計等)
列範囲 | 内容 |
---|---|
1 – 6 | MASTER |
11 – 15 | REMARKレコードの数 |
16 - 20 | 0 |
21 - 25 | HETレコードの数 |
26 - 30 | HELIXレコードの数 |
31 - 35 | SHEETレコードの数 |
36 - 40 | 廃止 |
41 - 45 | SITEレコードの数 |
46 - 50 | 座標変換レコードの数 (ORIGX+SCALE+MTRIX) |
51 - 55 | 座標レコードの数 (ATOM+HETATM) |
56 - 60 | TERレコードの数 |
61 - 65 | CONECTレコードの数 |
66 - 70 | SEQRESレコードの数 |
作成日: 2019-02-05 (最終更新日: more than 1 year ago)