PDBj Mine:XPath

XPath は X ML Path Languageの略で、XML文書の一部を指定するための共通文法を取り決めたものです。内容はW3Cコンソーシアムで勧告されています→ こちら （英語）。

このXPathの表記法を用いて、指定したエントリー(PDB ID)対して、目的の情報をPDBMLのデータ集合から抽出するツールが、Mineで提供している「Entry-wise XPath」検索ツールです。

http://pdbj.org/mine

このツールによる検索で返る結果は１種類だけです。複数の要素を検索結果として得たい場合は PDBj Mine:SQLクエリ文の事例 を利用して下さい。

なお、XPathを利用するに当たって、PDBMLファイルのどの場所に何が書いてあるのかについて知っておく必要があります。 PDBMLファイルの構造については、PDBML Schema（ PDB Exchange Dictionary ）に記載されています（英語、人が目で読むには読みづらい）。

[XPath条件文記述例]

• XPath条件文記述例
• • PDB ID「1GOF」の情報を得る
  • PDB ID「1GOF」のデータ更新情報を得る
  • 指定したPDB IDのL型アミノ酸のポリペプチド情報を得る
  • 指定したPDB IDの構造名（structure title）を得る
  • 指定したPDB IDのヘッダ情報（header）を得る
  • 指定したPDB IDのシート情報（sheet）を得る
  • 指定したPDB IDの化合物情報（compnd）を得る
  • 指定したPDB IDのらせん情報（helix）を得る
  • 指定したPDB IDのseqres情報を得る
  • 指定したPDB IDの一次文献のPubmed IDを得る
  • 指定したPDB IDの遺伝子源生物の学名を得る
  • 指定したPDB IDの分子ID（entity_id）１の遺伝子源生物の学名を得る
  • 指定したPDB IDの分子ID「1」のEC番号を得る
  • 指定したPDB IDのソース生物のTaxonomyIDを得る

PDB ID「1GOF」の情報を得る

/1gof/datablock

• 指定したエントリーの全情報（PDBMLの内容全て）が表示されます。

PDB ID「1GOF」のデータ更新情報を得る

/1gof/datablock/database_PDB_revCategory/database_PDB_rev

結果

<PDBx:database_PDB_rev num="1">
  <PDBx:date>1994-01-31</PDBx:date>
  <PDBx:date_original>1993-09-30</PDBx:date_original>
  <PDBx:mod_type>0</PDBx:mod_type>
  <PDBx:replaces>1GOF</PDBx:replaces>
</PDBx:database_PDB_rev>
<PDBx:database_PDB_rev num="2">
  <PDBx:date>2003-04-01</PDBx:date>
  <PDBx:mod_type>1</PDBx:mod_type>
  <PDBx:replaces>1GOF</PDBx:replaces>
</PDBx:database_PDB_rev>
<PDBx:database_PDB_rev num="3">
  <PDBx:date>2009-02-24</PDBx:date>
  <PDBx:mod_type>1</PDBx:mod_type>
  <PDBx:replaces>1GOF</PDBx:replaces>
</PDBx:database_PDB_rev>
<PDBx:database_PDB_rev num="4">
  <PDBx:date>2011-07-13</PDBx:date>
  <PDBx:mod_type>1</PDBx:mod_type>
  <PDBx:replaces>1GOF</PDBx:replaces>
</PDBx:database_PDB_rev>

指定したPDB IDのL型アミノ酸のポリペプチド情報を得る

/PDBID/datablock/entity_polyCategory/entity_poly[type='polypeptide(L)']

指定したPDB IDの構造名（structure title）を得る

/PDBID/datablock/structCategory/struct/title

指定したPDB IDのヘッダ情報（header）を得る

/PDBID/datablock/struct_keywordsCategory/struct_keywords/pdbx_keywords

指定したPDB IDのシート情報（sheet）を得る

/PDBID/datablock/struct_sheet_rangeCategory/struct_sheet_range

指定したPDB IDの化合物情報（compnd）を得る

/PDBID/datablock/entityCategory/entity

指定したPDB IDのらせん情報（helix）を得る

/PDBID/datablock/struct_confCategory/struct_conf

指定したPDB IDのseqres情報を得る

/PDBID/datablock/pdbx_poly_seq_schemeCategory/pdbx_poly_seq_scheme

指定したPDB IDの一次文献のPubmed IDを得る

/PDBID/datablock/citationCategory/citation[@id='primary']/pdbx_database_id_PubMed

指定したPDB IDの遺伝子源生物の学名を得る

/PDBID/datablock/entity_src_genCategory/entity_src_gen/pdbx_gene_src_scientific_name

指定したPDB IDの分子ID（entity_id）１の遺伝子源生物の学名を得る

/PDBID/datablock/entity_src_genCategory/entity_src_gen[@entity_id=1]/pdbx_gene_src_scientific_name

指定したPDB IDの分子ID「1」のEC番号を得る

/PDBID/datablock/entityCategory/entity[@id=1]/pdbx_ec

指定したPDB IDのソース生物のTaxonomyIDを得る

/PDBID/datablock/entity_src_natCategory/entity_src_nat/pdbx_ncbi_taxonomy_id