追加の情報を使う（PDBMLadd、SIFTS、BIRD辞書、CSD）

PDBj Mineの検索ではPDBのデータに含まれる内容以外に、PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」を含む以下の情報も利用することができます。

PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」
- 引用論文に記載されているが共通のPDBデータには記載されていない情報
- 関連する遺伝子オントロジー（Gene Ontology、GO）の情報
- PDBeで提供している、PDBと関連データベースとの対応情報SIFTSの内容
生物的に重要な分子に関する情報を集めた参照辞書「BIRD」（Biologically Interesting molecule Reference Dictionary）
ケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）

PDBMLadd はPDBMLと同じXML形式で情報を記したファイルで、定義を拡張して新たな要素を定義し、付加情報を記したものです。PDBMLaddについて詳しくはPDBMLaddをご覧ください。

各PDBエントリーのPDBMLaddファイルはPDBj FTPサイト内にあります。 URLは ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_add/[PDBID]-add.xml.gz です。

PDBj Mine関係データベースにはPDBMLaddの内容も取り込んでおり、SQL検索で検索することができます。 Mine 2 関係データベースに関する文書に記しているテーブルの他、SIFTSに関する以下のテーブルも作成しています。

sifts.pdb_chain_uniprotテーブル
項目名	内容	例
pdbid	PDBID	1a14
chain	Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id）	N
sp_primary	UniProt ID	P03472
res_beg	PDBで定義した残基番号（＝entity_poly_seq.num）での開始位置残基番号	1
res_end	PDBで定義した残基番号（＝entity_poly_seq.num）での終了位置残基番号	388
pdb_beg	構造登録者が定義した残基番号（＝atom_site.auth_seq_id）での開始位置残基番号	82
pdb_end	構造登録者が定義した残基番号（＝atom_site.auth_seq_id）での終了位置残基番号	468
sp_beg	UniProtで定義されている残基番号での開始位置残基番号	83
sp_end	UniProtで定義されている残基番号での終了位置残基番号	470

sifts.pdb_chain_goテーブル
項目名	内容	例
pdbid	PDBID	2no6
chain	Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id）	A
sp_primary	UniProt ID	P27707
with_string	接頭辞付きUniProt ID	UniProtKB:P27707
evidence		IPI
go_id	遺伝子オントロジーID（GO ID）	GO:0042803

sifts.pdb_chain_taxonomyテーブル
項目名	内容	例
pdbid	PDBID	1smd
chain	Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id）	A
tax_id	NCBI TaxonomyのTaxonomy ID	9606
scientific_name	生物種名（学名、一般名）	Home sapiens

以下に付加情報に関する検索例を挙げます。