SQL検索
PDBj MineのSQL検索ではSQLというデータベース問い合わせ言語を使って、データベースに問い合わせを行い結果を得ることができます。 SQL検索では詳細な条件での検索もできますが、利用するにはPDBのデータ構造やSQLの文法についても知識が必要です。PDBj MineデータベースはPDBx/mmCIFのデータ構造に基づいてつくられており、以下のような仕様となっています。
- カテゴリ名がそのままテーブル名になっています(例:entityCategoryの内容はentityテーブルに格納)
- 各テーブルにはpdbidという項目(カラム)が追加されており、どのPDBIDのデータであるのかが識別できるようになっています
- 原子座標情報が記されたatom_siteCategoryだけは情報量が多いためデータベースに格納されていません。
PDBx/mmCIFのデータ仕様について詳しくはmmCIF交換辞書を、 PDBj Mine関係データベースの構造について詳しくはMine 2 関係データベースに関する文書をご覧ください。
その他、
- SQL検索はREST APIでも利用できます。
- 検索結果はウェブページに表示されますが、XML、CSV(コンマ区切り)、TSV(タブ区切り)などの各書式ファイルでダウンロードすることもできます。結果のダウンロードについては、PDBj Mine 検索結果もご覧ください。
- 利用しやすいように、詳細検索に必要な情報を抽出した「brief_summary」テーブルやいくつかの支援関数を定義しています。
作成日: 2020-04-30 (最終更新日: more than 1 year ago)