Pfamコードが\

検索はこちら

SELECT s.*, r.ls_d_res_high AS reso,
     LENGTH(p.pdbx_seq_one_letter_code_can) AS len,
     ('>' || s.pdbid || s.chain) AS header,
     p.pdbx_seq_one_letter_code_can AS aaseq
FROM sifts.pdb_chain_pfam AS s
JOIN refine r on r.pdbid = s.pdbid
JOIN entity_poly AS p on p.pdbid = s.pdbid
     AND s.chain = ANY(regexp_split_to_array(p.pdbx_strand_id,','))
WHERE pfam_id = 'PF00046'
AND r.ls_d_res_high < 2.0
AND LENGTH(p.pdbx_seq_one_letter_code_can) >= 58
ORDER BY reso, len,s.chain

要素	内容
refine.ls_d_res_high	精密化で用いられた反射データの面間隔最小値をオングストローム単位で示したもの（最高解像度）
entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can	アミノ酸残基/核酸塩基の1文字表記で記した配列情報。修飾を受けた残基/塩基については可能な限り修飾されていない元の残基/塩基で表記している。
entity_poly.pdbx_strand_id	各entity IDに対応する分子（鎖）のChain ID（＝atom_site.auth_asym_id）をすべてコンマ区切りで記した値
sifts.pdb_chain_pfam.chain	Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id）
sifts.pdb_chain_pfam.sp_primary	UniProt ID
sifts.pdb_chain_pfam.pfam_id	Pfam ID

作成日: 2018-05-10 (最終更新日: more than 1 year ago)