Loading
PDBj
メニューPDBj@FacebookPDBj@X(formerly Twitter)PDBj@BlueSkyPDBj@YouTubewwPDB FoundationwwPDBDonate
RCSB PDBPDBeBMRBAdv. SearchSearch help

2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る

検索はこちら

WITH t2(pdbid,chain,tax_id) AS
(SELECT DISTINCT t.pdbid, t.chain, t.tax_id FROM sifts.pdb_chain_taxonomy t)
SELECT e.pdbid,e.entity_id, ARRAY_AGG(DISTINCT t2.tax_id) AS tax_ids
FROM entity_poly e
JOIN t2
  ON t2.pdbid = e.pdbid AND t2.chain = ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,','))
GROUP BY e.pdbid,e.entity_id
HAVING COUNT(DISTINCT t2.tax_id) = 2
要素 内容
entity_poly.entity_id エントリー内に含まれる高分子の種類を識別するためのID(entity ID)
entity_poly.pdbx_strand_id 各entity IDに対応する分子(鎖)のChain ID(=atom_site.auth_asym_id)をすべてコンマ区切りで記した値
sifts.pdb_chain_taxonomy.chain Chain ID(=atom_site.auth_asym_id
sifts.pdb_chain_taxonomy.tax_id NCBI TaxonomyのTaxonomy ID

作成日: 2018-05-09 (最終更新日: more than 1 year ago)2018-05-09

246704

件を2025-12-24に公開中

PDB statisticsPDBj update infoContact PDBjnumon