2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る
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WITH t2(pdbid,chain,tax_id) AS (SELECT DISTINCT t.pdbid, t.chain, t.tax_id FROM sifts.pdb_chain_taxonomy t) SELECT e.pdbid,e.entity_id, ARRAY_AGG(DISTINCT t2.tax_id) AS tax_ids FROM entity_poly e JOIN t2 ON t2.pdbid = e.pdbid AND t2.chain = ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) GROUP BY e.pdbid,e.entity_id HAVING COUNT(DISTINCT t2.tax_id) = 2
| 要素 | 内容 |
|---|---|
| entity_poly.entity_id | エントリー内に含まれる高分子の種類を識別するためのID(entity ID) |
| entity_poly.pdbx_strand_id | 各entity IDに対応する分子(鎖)のChain ID(=atom_site.auth_asym_id)をすべてコンマ区切りで記した値 |
| sifts.pdb_chain_taxonomy.chain | Chain ID(=atom_site.auth_asym_id) |
| sifts.pdb_chain_taxonomy.tax_id | NCBI TaxonomyのTaxonomy ID |
作成日: 2018-05-09 (最終更新日: more than 1 year ago)






