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検索結果ページの右パネルについて

簡易検索バーや詳細条件検索のいずれかを使用してPDBj Mineの検索を実行すると、結果がブラウザ内に表示されます。 画面の中央には、検索結果が保持されて、さらに右エリアには、追加情報と機能を提供するための2つのパネルが現れます。(下図参照)
検索結果情報のパネルには、検索結果数や、1ページに表示される結果数、表示順についての情報が表示されます。
また、オートページャー機能をオンにするオプションもあります。デフォルトはオフで、検索結果は複数のページに分割して表示され、 各ページには、指定された件数の検索結果が表示されます。(1ページに表示する検索結果数のカスタマイズについては、こちらを参照してください。) オートページャー機能をオンにすると、ユーザーがスクロールバーで現在のページの下部に到達すると、動的に途切れることなく、次のページへ移動して表示されます。
表示順のパネルでは、検索結果の表示順を変更することができます。デフォルトは”関連性が高い順"で結果が表示されています。 このパネルで別の表示順を選択すると、その順で結果が即座に並び替えられます。
検索結果情報 / 表示順項目

検索結果のダウンロード機能

新しいインターフェイスのもう一つの機能で、ユーザーが使いやすい形式で、検索結果をダウンロードすることができます。
検索結果情報 パネルの中の、"ダウンロードボタン"をクリックするだけです。ダウンロードするファイルの設定をするための ポップアップウィンドウが表示されます。 デフォルトのダウンロード形式は"CSV形式"で、各entryに対して、PDBIDとその他の結果を含む全てがダウンロードされます。 また、結果は常に表示順で指定された順序で提供されます。
CSV形式に加えて、”TSV形式”や”JSON形式”でも結果をダウンロードすることができます。以下のような広範囲にわたって、結果項目を指定することができます。
  • PDB ID
  • 構造のタイトル
  • 登録者
  • 文献著者(引用文献)
  • 論文題名(引用文献)
  • 雑誌名(引用文献)
  • 発行年(引用文献)
  • 巻番号(引用文献)
  • 文献著者
  • 論文題名
  • 雑誌名
  • 発行年
  • 巻番号
  • PubMed ID
  • DOI ID
  • 登録日
  • 公開日
  • 更新日
  • 実験手法
  • 分解能
  • 分子名称
  • 含まれるポリマー鎖の種類
  • 鎖の数
  • 鎖の長さ
  • リガンドと補欠分子族
  • 由来する生物種
  • 宿主生物種
  • ECエントリ
  • GOエントリ
  • UNIPROTエントリ
  • GenBankエントリ
  • EMBLエントリ
  • PIRエントリ
  • EMDBエントリ
  • 関連するPDBエントリ
  • 配列情報
  • PDBj URL
デフォルトでは、上記すべての項目をダウンロードしますが、どの項目をダウンロードするかを指定することもできます。 (項目をクリックすると選択状態になり、もう一度クリックすると選択解除になります。)
最後に、CSV / TSV形式については、最初の行に、選択した項目名の情報を追加することができます。
PDBj Mineから検索結果をダウンロード

作成日: 2013-05-29 (最終更新日: more than 1 year ago)2018-04-09