PDBj Mine 検索結果

検索結果ページの右パネルについて

簡易検索バーや詳細条件検索のいずれかを使用してPDBj Mineの検索を実行すると、結果がブラウザ内に表示されます。 画面の中央には、検索結果が保持されて、さらに右エリアには、追加情報と機能を提供するための２つのパネルが現れます。（下図参照）
検索結果情報のパネルには、検索結果数や、１ページに表示される結果数、表示順についての情報が表示されます。
また、オートページャー機能をオンにするオプションもあります。デフォルトはオフで、検索結果は複数のページに分割して表示され、 各ページには、指定された件数の検索結果が表示されます。(１ページに表示する検索結果数のカスタマイズについては、こちらを参照してください。） オートページャー機能をオンにすると、ユーザーがスクロールバーで現在のページの下部に到達すると、動的に途切れることなく、次のページへ移動して表示されます。
表示順のパネルでは、検索結果の表示順を変更することができます。デフォルトは”関連性が高い順"で結果が表示されています。 このパネルで別の表示順を選択すると、その順で結果が即座に並び替えられます。

検索結果のダウンロード機能

新しいインターフェイスのもう一つの機能で、ユーザーが使いやすい形式で、検索結果をダウンロードすることができます。
検索結果情報 パネルの中の、"ダウンロードボタン"をクリックするだけです。ダウンロードするファイルの設定をするための ポップアップウィンドウが表示されます。 デフォルトのダウンロード形式は"CSV形式"で、各entryに対して、PDBIDとその他の結果を含む全てがダウンロードされます。 また、結果は常に表示順で指定された順序で提供されます。
CSV形式に加えて、”TSV形式”や”JSON形式”でも結果をダウンロードすることができます。以下のような広範囲にわたって、結果項目を指定することができます。

• PDB ID
• 構造のタイトル
• 登録者
• 文献著者（引用文献）
• 論文題名（引用文献）
• 雑誌名（引用文献）
• 発行年（引用文献）
• 巻番号（引用文献）
• 文献著者
• 論文題名
• 雑誌名
• 発行年
• 巻番号
• PubMed ID
• DOI ID
• 登録日
• 公開日
• 更新日
• 実験手法
• 分解能
• 分子名称
• 含まれるポリマー鎖の種類
• 鎖の数
• 鎖の長さ
• リガンドと補欠分子族
• 由来する生物種
• 宿主生物種
• ECエントリ
• GOエントリ
• UNIPROTエントリ
• GenBankエントリ
• EMBLエントリ
• PIRエントリ
• EMDBエントリ
• 関連するPDBエントリ
• 配列情報
• PDBj URL

デフォルトでは、上記すべての項目をダウンロードしますが、どの項目をダウンロードするかを指定することもできます。 (項目をクリックすると選択状態になり、もう一度クリックすると選択解除になります。）
最後に、CSV / TSV形式については、最初の行に、選択した項目名の情報を追加することができます。