簡易検索
[基本的な使い方]
PDBj各ページ上部にある検索ボックスを使って、以下の内容を対象にしてエントリーを検索することができます。 結果は、条件に適合したエントリーの一覧が簡単な要約付きで表示されます。
- PDB IDまたはキーワード
- アミノ酸または核酸配列
- 著者名
PDB ID検索
- 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「PDB ID or Keyword」を選択して下さい。
- 入力ボックスにPDB ID を入力して下さい（例：1gof）。１〜９の半角数字１文字＋半角英数字３文字という条件に合わない入力を行うと再入力を求められます。 なお、ワイルドカード（*）を使って前方一致検索（例：1g*、1gで始まるPDB ID）、後方一致検索（例：*of、ofで終わるPDB ID）、含むものの検索（例：*go*、goを含むPDB ID）を行うこともできます。
- GOボタンをクリックして下さい。
条件に特定のPDB IDを入力した場合は、直接そのエントリーの要約ページが表示されます（このようなページです→ mine:1gof ）。 要約ページについて、詳しくは PDBエントリー検索結果 をご覧下さい。 ワイルドカードを使って検索を行った場合は、条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。
キーワード検索
- 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「PDB ID or Keyword」を選択して下さい。
- 入力ボックスに検索したいキーワードを入力して下さい（例：galactose）。
- GOボタンをクリックして下さい。
条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。
キーワード検索では、論理演算子（not(!)、and(&)、or(|)）を利用することもできます。論理演算子の優先順位は NOT AND OR の順です。
AND(&)検索
複数のキーワードを「 and 」「 & 」または空白で区切って入力した場合、その複数のキーワード全てを含むエントリーが検索されます。
例：antibody（抗体）と virus（ウイルス）両方のキーワードを含むエントリーを検索する
antibody and virus
※下記記述でも同じ条件で検索されます。
antibody virus
OR(|)検索
複数のキーワードを「 or 」または「 | 」で区切って入力した場合、その複数のキーワードいずれか一つ以上を含むエントリーが検索されます。
例：erythrocyte（赤血球）と leukocyte（白血球）の少なくともどちらか一方のキーワードを含むエントリーを検索する
erythrocyte or leukocyte
否定 NOT(!)
あるキーワードを 含まない エントリーを検索したい場合、そのキーワードの前に「 not 」または「 ! 」を付けて下さい。
例：hydrolase（加水分解酵素）は含むが phosphate（リン酸）は含まないエントリーを検索する
hydrolase not phosphate
日本語検索
表示言語が「日本語」となっている場合、キーワードとして日本語も利用できます。日本語は自動的に英語に変換した上で検索されます。この場合、どのような英語に変換されたのかも合わせて結果ページに表示されます。
例：「ヘモグロビン」で検索
検索語をクォート記号で囲った場合
検索語をクォート記号で囲った場合、囲まれた語を一つの語とみなして処理します。 この扱いは新インタフェースのみです。従来版（legacy版）ではクォート記号で囲んでも囲まない場合の扱いと変わりません。
- Alcohol Dehydrogenase
- 「Alcohol & Dehydrogenase」と同じ。「Alcohol」と「Dehydrogenase」の両方が含まれるエントリーを検索（両者が離れて記述されていてもよい）。
- "Alcohol Dehydrogenase"
- 「"Alcohol Dehydrogenase"」この通りの記述が含まれるエントリーを検索（間に別の語がはさまったりしていたらヒットしない）
| 検索対象語 | 検索キーワード | |
|---|---|---|
| alcohol dehydrogenase | "alcohol dehydrogenase" | |
| horse liver alcohol dehydrogenase complexed with ... | ○ | ○ |
| ...anti alcohol-addiction agent, in complex with human mitochondrial aldehyde dehydrogenase. | ○ | × |
配列検索
あるアミノ酸配列や核酸配列を含むエントリーを検索します。
- 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「sequence」を選択して下さい。
- 入力欄にアミノ酸配列または核酸配列を１文字表記で入力して下さい（例：KGFEPLIQFA）。検索できるのは５残基以上の配列です。
- GOボタンをクリックして下さい。
条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。
例：
KGFEPLIQFA
著者検索
ある名前を著者名に含むエントリーを検索します。
- 検索ボックスの右にあるプルダウンメニューで「author name」を選択して下さい。
- 入力欄に名前を入力して下さい（例：Ito, N.）。『「姓」＋「,」（コンマ）＋「 」（空白）＋「名の１文字目」＋「.」（ピリオド）』という書式で指定します。
- GOボタンをクリックして下さい。
条件に合致したエントリーがあれば、そのリストが分子の画像付きで表示され、それぞれの画像やPDB IDをクリックすれば各エントリーの要約ページが表示されます。
例：
Ito, N.
また著者名は１人しか指定できません。２人以上を指定する場合は詳細検索またはSQL検索をご利用下さい。
