詳細検索
URL: https://pdbj.org/advancedSearch
詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。 右上のパネルには、指定できる条件の一覧が表示されています。 デフォルトでは、太字の条件項目が表示されていますが、必要に応じて、追加又は削除することができます。
- PDB ID
- キーワード
- エントリーのタイトル
- 公開日、登録日
- 文献著者
- 文献情報
- 含まれるポリマー鎖の種類
- 化合物情報
- 外部データベース
- リガンドと補欠分子族
- ポリマー鎖の数
- ポリマー鎖の長さ
- 実験手法
- 分解能
- 由来する生物種
- 宿主生物種
PDB ID
PDB IDで検索を行います。
ワイルドカード（*）を使って前方一致、後方一致、中間一致の検索もできます。
- 例１?1Aで始まるエントリーID
-
1A*
- 例２?4Cで終わるエントリーID
-
*4C
- 例３?ACをはさむエントリーID
-
*AC*
４文字を完全に指定して「PDB ID」を検索した場合、ヒットしたエントリーの一覧は表示されず直接該当エントリーの概要ページが表示されます。
「PDB ID」そのものではなく、関連IDなどエントリー情報の中身に対して検索したい場合は次の「Keyword」をご利用下さい。
例：
「1smd」を「PDB ID」に入力→PDB ID＝1smdの結果概要ページを表示
「1smd」を「Keyword」に入力→エントリー情報のどこかに1smdを含むエントリーの一覧を表示
キーワード
入力された値を常に「キーワード」として検索を行います。
簡易検索では、検索値がPDB IDを判断される値であった場合、自動的に前項の「『PDB ID』としての検索」に検索方法を切り替えて検索しますが、ここではPDB IDと判断される値であるかどうかに関わらず常にキーワードとして検索が行われます。
エントリーのタイトル
分子のタイトルに記された情報（分子の名称など）を対象に検索を行います（例：mutant）。
公開日、登録日
登録データの公開日（Release Date）や登録日（Deposition Date）の範囲を指定できます。
「以降」に入力した日付以降、「以前」に入力した以前の登録日が検索対象となります。
特定の日だけを検索する場合は、「以降」と 「以前」に同じ年月日を入力して下さい。 特定の月、特定の年を検索対象とする場合も年月日全てを入力して下さい。
文献著者
著者名を指定します。複数名指定する場合は、引用符(")で括って入力してください。「引用文献」のチェックをONにすると一次引用文献（primary citation、PDBエントリーに関する事項が直接掲載されている文献）だけを検索対象とします。
例：
一人の場合 → Ito, N.
複数の場合 → "Ito, N." "Phillips, S.E.V."
文献情報
雑誌情報を指定します。 論文の題名、雑誌名、発行年を、巻番号を指定します。
含まれるポリマー鎖の種類
含まれる鎖の構成要素の種類を指定します。 各々の鎖に対して、「含む」「含まない」「無視する」を指定できます。
- ポリペプチド（L体）：L体アミノ酸で構成されたポリペプチド
- ポリペプチド（D体）：D体アミノ酸で構成されたポリペプチド
- ポリデオキシリボヌクレオチド（DNA）：デオキシリボ核酸で構成されたDNA鎖
- ポリリボヌクレオチド（RNA）：リボ核酸で構成されたRNA鎖
- 多糖（D体）：D体単糖で構成された糖鎖
- 多糖（L体）：L体単糖で構成された糖鎖
- DNA/RNA 複合体：DNAとRNAの複合体
- 環状疑似ペプチド
- その他
化合物情報
エントリーに含まれる化合物を検索します（例：ATP）。
外部データベース
PDB以外のデータベースIDを持つPDBエントリーを検索することができます。 左のプルダウンリストから、データベースを選択し、右のテキストボックスにはIDを入力します。
リガンドと補欠分子族
あるリガンドや補欠分子族を含むエントリーを検索します（例：heme）。
ポリマー鎖の数
鎖の数で条件指定をして検索します。
ポリマー鎖の長さ
鎖の長さで条件指定をして検索します。
実験手法
構造を解くのに用いた実験手法を指定します。指定した実験手法を含むエントリーを検索します。
- Hybrid
-
複数の実験手法を用いているエントリーを検索します。
- THEORETICAL MODEL
-
実験で解かれた複数の構造を組み合わせて作った理論モデルを検索します。
- THEORETICAL MODEL (obsolete)
-
実験で解かれた構造ではなく、ホモロジーモデリングの手法によって理論的に求められた構造を検索します。現在、このような構造のデータはメインのFTPツリーから外されています。
分解能
構造の分解能の範囲（単位はオングストローム(Å)）を指定します。
由来する生物種
分子の遺伝子源となっている生物の名前で検索します。 分子を生物から直接得た場合はその生物名、分子を他の宿主生物で発現させて得た場合はその遺伝子を元々持っていた生物の名前が検索対象となります。 一般名（例：human）でも学名（例：Homo sapiens）でも検索できます。
宿主生物種
分子を他の宿主生物で発現させて得た場合、その発現に用いた生物の名前で検索します。 一般名（例：mouse）でも学名（例：Mus musculus）でも検索できます。
