FAQ

[よくあるお問い合わせ]

1. データの公開・ダウンロードに関して

• 1-1) 新しいPDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？
• 1-2) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？
• 1-3) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするためのURL等を教えて下さい
• 1-4) FTPで、指定したフォーマット（PDB、mmCIF、XML）のPDBデータをダウンロードする方法を教えて下さい
• 1-5) 機能情報（Functional Details）ページに掲載されているデータ（CSA等）はどこからダウンロードできますか？
• 1-6) OneDep登録サービスのチュートリアルはありますか？
• 1-7) 廃止または他のIDに置き換えられたエントリーのリストはありますか?

2. PDBjの検索サービスについて

• 2-1) PDBjの各種検索サービスの利用方法に関するヘルプはありますか？
• 2-2) PDBj Mine検索サービス（PDBjにおけるPDBデータ検索サービス）の使い方に関するヘルプはありますか？
• 2-3) PDBデータを部分的に抽出してダウンロードすることはできますか？
• 2-4) UniProt ID（Swiss-Prot ID）から、そのタンパク質のPDBデータを探すのはどうすればいいですか？
• 2-5) ある化合物が含まれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？
• 2-6) ある範囲内の分解能で解かれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？
• 2-7) 構造因子ファイルを持っているPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？
• 2-8) 日本語キーワードで検索しても適切な翻訳内容で検索されません
• 2-9) 特定種のポリマーを含むエントリーを検索するにはどうすればいいですか？
• 2-10) アミノ酸配列でPDBに登録されているタンパク質を調べるのはどうすればよいですか？

3. ご利用方針・個人情報保護方針

• 3-1) PDBjのデータ・画像等を引用したいのですが、問題ないでしょうか？　また使用条件等あれば、教えてください。
• 3-2) PDBのデータ・画像等を引用したいのですが、PDBjでなくPDBに問い合わせる必要がありますか？
• 3-3) EMDBからの三次元動画をビデオで使用したいのですが、許可が必要ですか？引用元はどうすればよいですか？
• 3-4) いつ、誰がどんな内容のクエリをしたかという情報は、ログを取られているのでしょうか？それを第三者に知られる可能性はありますか？

4. PDBjのサービス、ソフトウェアについて

• 4-1) PDBjの各種サービスやソフトウェアに関するチュートリアルはありますか？
• 4-2) jV: jVを利用したいのですが、チュートリアルはありますか？
• 4-3) jV: jVを利用したいのですが、OS等のシステム要件を教えて下さい。
• 4-4) jV: 図の背景色を変える等、表示の設定を変える方法を教えて下さい
• 4-5) jV: 特定のアミノ酸・原子をリボンモデルに追加して表示する方法を教えて下さい
• 4-6) jV: 表示した画像を保存する方法を教えて下さい
• 4-7) jV: より精密な画像を保存する方法を教えて下さい
• 4-8) EM: EM Navigatorについて質問があるのですが、このFAQページには質問・回答が見つかりません。
• 4-9) EM: EM Navigatorのセッションファイルを使用して、Chimeraでマップを再現する方法を教えてください。
• 4-11) フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか？
• 4-12) Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか？

5. その他

• 5-1) News Letterの宛先を変更していただけますか？
• 5-2) PDBのXMLフォーマットやサービスに関する参考文献を教えて下さい
• 5-3) PDBのXML文書に対するXML Schemaはどこにありますか？
• 5-4) ある構造について、PDBj Mineの概要ページへリンクさせるには、どのように記載すればよいでしょうか？
• 5-5) どうしてJapan のJ は大文字なのにPDBj のj は小文字なのですか？
• 5-6) Windows環境で、gzip形式の圧縮ファイル(.gz)を解凍したり、圧縮されていないファイルをgzip形式に圧縮する方法を教えてください。
• 5-7) PDBjのロゴデータはどこにありますか？

6. トラブルシューティング

• 6-1) 接続先のIPアドレスを登録して以前からアクセスしていたのですが、最近アクセスできなくなりました。
• 6-2) jV: 構造データのPDBファイルがRasMacで認識できません。
• 6-3) jV: PDBjViewerを使用していますが、表示に問題があります。
• 6-4) jV: アプレット版を利用していますが、エラーが発生して表示できません。
• 6-5) jV: jVのインストール、分子構造の表示で問題が発生しています。
• 6-6) Molmil: 最近、Molmil viewerが動作しなくなりました。
• 6-7) Molmil: MolmilページのEnableボタンをクリックするとOSがクラッシュします。
• 6-8) Molmil: Molmil viewerへのリンクが表示されません。/ Molmilが動作しません。
• 6-9) Firefoxブラウザでの表示に問題があります。

7. PDBデータの内容・登録に関して

wwPDBのFAQページ(英語) もご覧下さい。 wwPDBの新登録・編集システムについては、新システムのFAQページもご覧ください。

• 7-1) PDBフォーマットの説明書はありますか？
• 7-2) 登録した内容について修正したいのですが、連絡先がわかりません。
• 7-3) 登録作業を途中で中断・保存し、再開したいのですが、「Session Restart ID」は何日間有効なのでしょうか？
• 7-4) あるPDBエントリー(HPUB)の論文は出版されているのに、構造は公開されていません。いつ頃公開されるのでしょうか？
• 7-6) Chain IDの付け方の規則について教えて下さい。英字の大文字・小文字、数字の区別はありますか？
• 7-7) 登録したエントリー（HOLD/HPUB）を今すぐ公開できますか？
• 7-8) PDBエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかはどこに記載されていますか？
• 7-9) PDBにデータを登録した後、公開前に登録内容が外部に漏れることはないでしょうか？
• 7-10) entity.typeでは各エンティティー（分子種）ごとにpolymer/non-polymerなどの分子タイプが規程されていますが、その判断基準はどのようになっているでしょうか？
• 7-11) X線/中性子線ハイブリッド法の構造の登録について、構造因子ファイルの登 録方法を教えてください。

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