二次データベース
eF-site
eF-site (エフサイト)は蛋白質の機能部位に関する電子表面形状を見るためのデータベースです。活性部位のコノリー表面(Connolly surface)上に静電ポテンシャルと疎水性を表示します。分子認識機構の解析に用いることができます。
eF-seek
eF-seek (エフシーク)は似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。eF-siteデータベースの代表結合部位を、クリーク検索アルゴリズム(clique search algorithm)に基づく独自の方法で検索します。
ProMode Elastic
ProMode Elastic (プロモードエラスティック)はプログラムPDBETA(Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data、二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算プログラム)を使ってPDBデータの基準振動解析を行った結果のデータベースです。
hGTOP
hGTOPはヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質をアノテーションしたデータベースです。含まれるアノテーションは、構造既知のホモログ蛋白質、予測(または実際の)2次構造や天然変性領域など立体構造に関するものが主なものですが、その他にも約170種の代表的な生物種のゲノムに含まれるホモログのデータも含まれます。
作成日: 2017-06-14 (最終更新日: more than 1 year ago)