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eF-site

eF-site 蛋白質の電子表面形状データベース

eF-site(エフサイト)は蛋白質の機能部位に関する電子表面形状を見るためのデータベースです。活性部位のコノリー表面(Connolly surface)上に静電ポテンシャルと疎水性を表示します。分子認識機構の解析に用いることができます。

URL: http://pdbj.org/efsite/

eF-surf

eF-surf 蛋白質の静電ポテンシャル・分子表面を計算

eF-surf(エフサーフ)は分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算して作成するウェブサービスです。

URL: http://pdbj.org/efsurf/

eF-seek

eF-seek 似たリガンド結合部位を持つ分子を検索

eF-seek(エフシーク)は似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。eF-siteデータベースの代表結合部位を、クリーク検索アルゴリズム(clique search algorithm)に基づく独自の方法で検索します。

URL: http://pdbj.org/efseek/

ProMode Elastic

ProMode Elastic 弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算サービス

ProMode Elastic (プロモードエラスティック)はプログラムPDBETA(Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data、二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算プログラム)を使ってPDBデータの基準振動解析を行った結果のデータベースです。

URL: /promode-elastic/

hGTOP

hGTOP ヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質をアノテーションしたデータベース

hGTOPはヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質をアノテーションしたデータベースです。含まれるアノテーションは、構造既知のホモログ蛋白質、予測(または実際の)2次構造や天然変性領域など立体構造に関するものが主なものですが、その他にも約170種の代表的な生物種のゲノムに含まれるホモログのデータも含まれます。

URL: http://p4d-info.nig.ac.jp/hGTOP/

2012-07-11 (last edited: more than 1 year ago)2016-04-01
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