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6-2) 登録構造中に同じ蛋白質鎖が複数ありますが、登録インターフェースでは、複数の高分子が表示されます。Macromolecule(高分子)ページで、一意となるポリマー鎖の数と鎖名を修正する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ -

アップロードされた座標ファイルに配列が記載されていない場合、登録システムでは、座標から抽出した配列に基づいて、自動的に一意のポリマーエンティティが作成されます。 同じポリマー鎖でも、異なるエンティティは配列の異なる部分集合を持つ可能性があるので、一つのポリマー鎖に対して複数のエンティティが生成される場合があります。

処理の過程で、これらを同じポリマーと識別できるようエンティティを関連づけるには(各々のエンティティが”Macromolecules(高分子)”ヘッダの下に異なるページを持つよう)、 いずれか一つのポリマーエンティティ(例えば”Molecule(分子) 1”)のページを参照してください。

分子種別、起源、ソース(可能な場合は宿主も)など、ポリマーに関してわかる情報を全て入力してください。 最も重要なことですが、解析に使用した完全なポリマー配列を入力してください。 座標にはなくても、実際には存在した、発現タグや残基なども、配列には含める必要があります。

確認したポリマーと同じエンティティに対する”Macromolecules(高分子)”ヘッダの各ページで、 ページ上部に分子数を入力し、”Copy every field from Molecule(分子から全ての項目をコピーする)”ボタンをクリックすると、 配列を含めて全ての入力情報がエンティティからコピーされます。

アノテーション処理の過程で、この方法で識別した同じポリマー鎖は、複数のエンティティから、複数の鎖にまたがる一つのエンティティへと統合されます。 この部分については、登録者が行うことはこれ以上ありません。

例:

リゾチームのX線結晶構造が登録されました。非対称単位の座標中には2つのリゾチーム分子があります。 電子密度マップがはっきりしないため、一つ目の分子モデルに存在するループは、二つ目の分子モデルには存在しません。 アップロードした座標ファイルには、たまたま、結晶化に用いたリゾチームのアミノ酸配列が含まれていませんでした。 従って、登録システムによって、配列は座標から抽出されました。 2番目の分子モデルにはループは存在しなかったため、2つの分子に対して、異なる配列が抽出され、Macromolecules(高分子)セクションでは、 異なるポリマーエンティティ1,2であると同定されます。

分子1のページでは、登録者はポリマーに対して必要な情報を全て入力します。 配列には、問題のループだけでなく、どちらのポリマーインスタンスでもモデル化されなかったN末の残基配列なども含める必要があります。 その後、分子2のページへ移動し、ページ上部のボックス内に「1」を入力し、”Copy every field from Molecule(分子から各項目をコピーする)”ボタンをクリックしてください。

これで必要な作業は終わりです。アノテーション処理の過程で、分子1と2は、両方のリゾチーム分子を含む分子1に統合されます。

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作成日: 2015-10-15

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件を2024-04-17に公開中

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