7-5) 電子密度マップ係数をMTZフォーマットへ変換する方法を教えてください。 - validation FAQ -

CIFフォーマットのマップ係数ファイルは、以下のいずれかの方法でMTZフォーマットへ変換できます。

以下の簡単なスクリプトを使えばこの手続きが行えます。生成されたMTZファイルは、Cootの"Auto Open MTZ"オプションで開くことができます。

#!/usr/bin/env sh

FILE1=$1
FILE2=$2
OUTPUT_FILE=$3

if [ -z "$FILE1" -o -z "$FILE2" -o -z "$OUTPUT_FILE" ]
then
    echo "convert_to_mtz.sh IN_FILE1.cif IN_FILE2.cif OUT_FILE.mtz"
    exit 1
fi

FILE1_MTZ=$FILE1.mtz
FILE2_MTZ=$FILE2.mtz

echo "converting ${FILE1} to MTZ"

cif2mtz hklin $FILE1 hklout $FILE1_MTZ <<eof
END
eof

echo "converting ${FILE2} to MTZ"

cif2mtz hklin $FILE2 hklout $FILE2_MTZ <<eof
END
eof

echo "merging ${FILE1_MTZ} and ${FILE2_MTZ} to ${OUTPUT_FILE}"

mtzutils hklin1 $FILE1_MTZ hklin2 $FILE2_MTZ hklout $OUTPUT_FILE <<eof
EXCLUDE 2 FOM
END
eof
    

以下の簡単なスクリプトを使えばこの手続きが行えます。生成されたMTZファイルは、Cootの"Auto Open MTZ"オプションで開くことができます。

#!/usr/bin/env sh

FILE1=$1
FILE2=$2
OUTPUT_FILE=$3

if [ -z "$FILE1" -o -z "$FILE2" -o -z "$OUTPUT_FILE" ]
then
    echo "convert_to_mtz.sh IN_FILE1.cif IN_FILE2.cif OUT_FILE.mtz"
    exit 1
fi

FILE1_MTZ=$FILE1.mtz
FILE2_MTZ=$FILE2.mtz

echo "converting ${FILE1} to MTZ"

phenix.cif_as_mtz ${FILE1} --output_file_name=${FILE1_MTZ}

echo "converting ${FILE2} to MTZ"

phenix.cif_as_mtz ${FILE2} --output_file_name=${FILE2_MTZ}

echo "merging ${FILE1_MTZ} and ${FILE2_MTZ} to ${OUTPUT_FILE}"

mtzutils hklin1 $FILE1_MTZ hklin2 $FILE2_MTZ hklout $OUTPUT_FILE <<eof
EXCLUDE 2 FOM
END
eof