7-4) 登録構造中のリガンドに対して、RSR値は十分低いのに、LLDFが非常に高いのはなぜですか？ - validation FAQ -

LLDFの値が高い場合、リガンドに対する電子密度への一致度が、蛋白質や核酸残基のそれよりも、非常に悪いことを示唆しています。 リガンドの配置がまずい場合は通常、LLDFの値が高くなりますが、その反対は、必ずしも真実ではありません。

PDBエントリー3n86は、良い配置のリガンドでも、高いLLDFの値を持つ例となっています。 3n86はホモ12量体の生物学的単位を持つ酵素で、しっかりした1.9Å分解能の構造です。 これは、酵素の活性部位に、非常によく似た24個のRJPリガンドが結合しているということです。 24個のリガンドコピーの各々に対する電子密度は、説得力のあるものです。 RSRとRSCCの値は共に、電子密度へよく一致していることを示し、コピー全てに対して、近い値となっています。 しかしながら、LLDFの値は、リガンド密度が周囲の残基よりノイズがあるか、そうでないかに依存して、0.1から3.6までの異なる値をとります。

wwPDBは、 第一回wwPDB/CCDC/D3R リガンド検証ワークショップ (http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2016.02.017) に導かれて、 電子密度への重なりに対するより良い基準を含め、 構造内のリガンドを検証するためのより良いサービスに取り組んでいます。

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最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。

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